Глобальное потепление примерно за десять тысяч лет до нашей эры, по-видимому, оказало благоприятное воздействие на разнообразие растительной и животной жизни и, таким образом, увеличило численность выживавших. Обитатели Японии освоили технику обжига глины и из-готовлений горшков. Культура этого периода известна как культура дземон («эпоха веревочного узора»), по аналогии с причудливым декоративным стилем ее керамики. Горшки использовались для приготовления пищи, для хранения еды и воды, а также для погребальных церемоний. С течением времени декоративные мотивы становились все более и более богатыми, трансформировавшись из несложных узоров «елочкой» в змееголовые орнаменты. Горшки дземон — самые древние глиняные изделия в мире из тех, которые удалось датировать и которые за счет разнообразия своего дизайна остаются непревзойденными образцами такого рода изделий среди любых других культур каменного века.
Люди той эпохи плели корзины и носили наряды из коры тутового дерева. Они охотились на медведей, вепрей и оленей; ловили рыбу и собирали моллюсков; ели ямс, дикий виноград, грецкие орехи, каштаны и желуди. От случая к случаю велся торговый обмен между горным и прибрежным регионами, обсидиан меняли на соль. Нередко находят стилизованные глиняные фигурки, известные как
Предки японцев делили свою землю с айнами, выходцами предположительно из северной Азии и Кавказа, отличавшимися от японцев внешне, языком и культурой. В конечном счете айны были вытеснены на неприветливый север. Японцы называли айнов «эзо» или «эмиши» и считали их варварами. В итоге айны осели на острове Хоккайдо, и в наши дни их численность едва ли достигает двадцати тысяч человек. Антропологи и туристы различными способами помогают сохранять остатки своеобразной культуры айнов.
Новая фаза началась около 300 года до н. э. и продлилась в течение следующих пяти столетий; за это время жизнь японцев претерпела значительные изменения вместе с развитием культивирования риса и появлением революционных ткацких технологий и техник работы с металлом. Большинство обществ прошло через период, когда главным металлом была бронза, а затем бронзу сменило железо. В Японию же бронза и металл пришли одновременно, из Китая. Тем не менее, хотя военное дело и сельское хозяйство добились огромного прогресса с освоением металлов, эту эпоху тоже называют по типу глиняных горшков, раскопанных в 1884 году в токийском районе Яей. Однако культура дземон не исчезла внезапно, и на протяжении некоторого периода времени обе культуры сосуществовали, а уже впоследствии доминирующей стала яей.
Объект интенсивных археологических раскопок, частично воссозданный, периода яей можно воочию увидеть в Торо, префектуре Сизуока: здесь и деревенские дома с соломенными крышами, и стоящие на столбах для защиты от крыс амбары, а также сложные системы ирригации и канализации. Количество находимых колышков для возделывания рисовых полей и обработанных досок для строительства амбаров свидетельствует о достаточной распространенности инструментов из железа, хотя продолжали по-прежнему использовать и заточенные каменные ножи. Основные предметы периода лей — мотыги, ступки и
Захоронения той эпохи содержат бусы, статуэтки и бронзовые зеркала и указания на социальные различия. Вероятно, эти различия отмечались также татуировками на лице или раскрашиванием тела. Могильные курганы, располагавшиеся в отдалении от общих мест погребения, укрывали тела местных царьков либо вождей. С некоторыми предметами из металла вроде оружия, колокольчиков и зеркал обращались так бережно, что они, вероятнее всего, были ритуальными или символизировали статус, а не предназначались для повседневного использования. Сакральный характер подтверждается тем фактом, что их чаще находят в могилах и на вершинах холмов, чем среди остатков регулярных поселений.
Религиозные верования данного периода представляли собой одну из форм шаманизма и связывались с плодородием, ритуальной чистотой и страхом смерти.