Одним из важнейших подготовительных мероприятий к постройке дороги стала организация речной флотилии КВЖД. На нее ложилась основная тяжесть доставки в Маньчжурию огромного количества грузов и оборудования, необходимых для строительства.
Работами по созданию флотилии руководил инженер С.М. Ваховский. В 1897 г. он был командирован в Бельгию и Англию, где заключил контракт на поставку для КВЖД мелкосидящих пароходов и металлических барж, пригодных для плавания по перекатам Сунгари. Морским путем в разобранном виде они были доставлены из Европы во Владивосток, а оттуда для сборки и спуска на воду их перевезли на станцию Иман Уссурийской железной дороги, а затем и на Красную речку под Хабаровском.
«Работы по сборке и склепке судов были поставлены инженером Ваховским весьма умело и быстро, что вызывало немалое удивление даже у испытанных в этом отношении иностранцев, которым довелось увидеть столь сложное техническое оборудование и кипучую работу в неожиданном и глухом уголке безлюдного Приамурья»
[10].Первый пароход, так и названный — «Первый», был спущен на воду 20 июля 1898 г. Вскоре был спущен и «Второй» пароход. Всего были собраны и спущены на воду 18 пароходов, получивших названия с «Первого» по «Восемнадцатый», 4 катера, 40 стальных и 20 деревянных барж и одна землечерпалка. За время строительства дороги и города Харбин эта флотилия перевезла не менее 650 тыс. т различных грузов.
Вместе с пароходством КВЖД на Сунгари были созданы и другие частные пароходства: Товарищества Амурского пароходства, В.Н. Лютикова и М.И. Кожевникова, Т.Н. Косицина, Б.А. Алексеева, М.З. Буянова, Курбатова, А.Л. Вертопрахова, А.К. Лукьянова и др.
Кроме того, правление КВЖД создало и свое Морское пароходство, в которое с 1896 г. по 1903 г. входил 21 пассажирский пароход.
6 мая 1898 г. из Хабаровска вверх по Уссури, в Харбин отправился первый пароход. Это был пароход «Благовещенск», арендованный у частного Амурского общества. На борту его находились руководители Строительного управления во главе с С.В. Игнациусом в сопровождении рабочих, служащих и казаков Охранной стражи. Плавание проходило трудно. Главным препятствием были многочисленные сунгарийские перекаты и мели. Вода в реке была низкая. Это вызвало недоумение у строителей, привыкших видеть реки Европейской России после таяния снегов наиболее полноводными. Но в Маньчжурии, где зимой снега почти не бывает, его таяние не вызывает повышения уровня воды в реках. Но в период интенсивных и частых муссонных дождей — в июле и августе — вода в реках достигает своей наивысшей отметки.
Из-за многочисленных задержек на мелях, когда приходилось сгружать с парохода наиболее тяжелые грузы, например, рельсы, и оставлять их на островках, это путешествие по Сунгари длилось более 20 дней.
28 мая 1898 г. пароход «Благовещенск» прибыл в Харбин. Этот день многие авторы считают днем освоения города. Но следует заметить, что рейс «Благовещенска» получил такую известность из-за присутствия на его борту начальства. Фактически первым пароходом, шедшим в Харбин, стал «Святой Иннокентий», привезший туда из Хабаровска рядовой персонал КВЖД.
Поселок Сунгари, как по волшебству, стал превращаться в город. 28 мая 1898 г. во временном бараке открылась первая железнодорожная больница. Первыми европейскими врачами в Харбине стали главный врач КВЖД М.И. Полетика и хирург Свентицкий, которые практиковали в этой больнице в Старом Харбине. Вскоре в Новом Харбине открылась капитальная, превосходно оборудованная Центральная больница КВЖД. В одной из фанз бывшего завода «Сян-фан» открылась небольшая столовая для строителей, которой заведовал грузин Агрести — первый частный предприниматель в Харбине. Открылась первая, тоже частная, гостиница «Номера для проезжих Гамартели». Хоть была она маленькая и грязноватая, но номера там не пустовали. А к июлю в одном из бараков начало свои операции отделение Русско-Китайского банка во главе с С.Б. Габриелем. Начала торговлю популярная на Дальнем Востоке фирма И.Я. Чурина. Ю.П. Нациевский первым открыл в Харбине кафе-кондитерскую. А 12 августа распахнул свои двери первый парфюмерный и галантерейный французский магазин и парикмахерская Руссиаль (позднее — Бланша).
Руководители постройки позаботились и о типографии. В 1898 г. в саманном доме были установлены первые четыре новенькие типографские машины. А 6 декабря 1898 г. открылась первая начальная школа для детей рабочих и служащих.
В феврале 1898 г. в доме Анпера в Старом Харбине открылась первая маленькая домовая церковь. А первым православным священником в Маньчжурии стал отец Александр Журавский, живший там с 1897 г. С прибывшими в Харбин в 1899 г. частями Охранной стражи появился здесь и отец Сергей Брадучан. Позднее в Старом Харбине между улицами Офицерской и Армейской построили небольшую, но очень красивую трехглавую церковь.