Пассивные по вине Фока действия русских войск японское командование использовало как передышку для подвоза подкреплений. В порту Дальнем противник высадил крупные силы пехоты с полевой и осадной артиллерией, подтянул их к перевалам и 13 июля перешел в решительное наступление. Русские солдаты оказывали упорное сопротивление, но под натиском превосходящих сил японцев были вынуждены с боями оставлять один рубеж за другим.
17 июня японцы численностью до пяти дивизий повели атаку на Волчьи горы, обороняемые лишь русской 4-й стрелковой дивизией. Генерал Стессель приказал нашим войскам без боя отойти частично в крепость, а частично — на новые передовые позиции: от бухты Луизы, через Угловую Гору, Панлуншань, Сюйшина, Дагушань, Тахэ.
В известной мере пассивность генерала Стесселя в период боев в конце мая-начале июня объясняется неопределенностью его положения. Дело в том, что в середине мая Куропаткин решил назначить командующим обороной Порт-Артура генерал-лейтенанта К.Н. Смирнова. Замечу, что пятидесятилетний Смирнов был довольно грамотным командиром. Он закончил две академии — Артиллерийскую и Генерального штаба. Стессель же, как уже говорилось, в 1866 г. закончил Павловское военное училище и более нигде не учился. 2 февраля 1904 г. Смирнов был назначен комендантом крепости Порт-Артур.
Естественно, что Смирнов был куда более приемлемой кандидатурой на должность командующего обороной, нежели Стессель, и Куропаткин решил перевести последнего в Мукден на штабную работу. Однако в связи с уничтожением телеграфного кабеля в Цзиньчжоу связь с Мукденом стала нерегулярной, и приказ об отзыве Стесселя в Мукден и назначении Смирнова был получен в Порт-Артуре лишь 1 июня, а затем повторен 4 июня.
Стессель уже тогда готовил для себя лавры порт-артурского героя, поэтому фактически проигнорировал приказ и не сообщил о нем Смирнову и Витгефту. Затем по совету ближайшего окружения, в частности, генерала Фока, после полученного 20 июня письма с напоминанием Стессель отправил послание лично Куропаткину, в котором он самым раболепным и униженным образом представил себя не иначе как спасителем Порт-Артура и отцом солдатам, отставка которого деморализует дух защитников и приведет к падению крепости. Куропаткин в момент получения письма был занят подготовкой к сражению под Ляояном и оставил посланца без ответа. Стессель же посчитал молчание знаком согласия и остался при прежней должности.
Ко времени подхода японских войск Порт-Артурская крепость имела три фронта: Восточный на правом фланге, Северный в центре и Западный на левом фланге оборонительной линии. Оборона Восточного фронта была возложена на генерала Горбатовского, Северного — на полковника Семенова, а Западного — на полковника Ирмана. Всей обороной сухопутного фронта командовал генерал Кондратенко, а резервами — генерал Фок. Дивизии и бригады были фактически упразднены.
Самым сильным местом оборонительной линии был Восточный фронт, он единственный мог считаться сколько-нибудь законченным. Северный фронт, несколько выдвинутый вперед, был закончен лишь наполовину. Западный же фронт был еле обозначен, а там находился тактический и стратегический ключ крепости — Высокая гора (203 м), Малахов курган Порт-Артура. Гора эта являлась наблюдательным пунктом исключительной важности, в случае занятия ее японцами русская Тихоокеанская эскадра обрекалась на неминуемую гибель.
Восточный фронт составляли фронты: I, II, III и ряд долговременных укреплений, связанных между собой валом — так называемой Китайской стенкой. Передовую позицию здесь составляли редуты: Дагушань (первоклассный наблюдательный пункт) и Сяогушань. Северный фронт состоял из передовой позиции — редутов Водопроводного и Кумирненского и редута из форта IV. На Западном фронте находились наскоро укрепленные передовые позиции на горах Угловой, Длинной и Высокой и главная позиция (форты V и VI) в зачаточном состоянии. Проектировавший план Порт-Артурской крепости полковник Величко недооценил все огромное значение горы Высокой, но защитники крепости — генерал Кондратенко, полковник Ирман и инженер-капитан Шварц — поняли это значение и по возможности исправили его ошибки.
К началу осады в крепости со стороны суши была создана сильная система артиллерийского огня. В долговременных сооружениях и на батареях полевого типа сухопутного фронта были установлены 283 крепостных, 168 морских и 63 полевых орудия, всего 514 орудий различного калибра. Кроме того, в резерве находилось 9 орудий полевой артиллерии, которые также можно было использовать для обороны укреплений полевого типа.
Система артиллерийского огня усиливалась огнем 52 пулеметов, которые по своим боевым качествам являлись эффективным средством борьбы с живой силой противника во время отражения штурмов. Еще 10 пулеметов находилось в резерве.
Состав артиллерийскою вооружения крепости Порт-Артур по состоянию на 17 июля 1904 rода