Утром 29 ноября катера с «Севастополя» встретили и провели к Порт-Артуру шедший из Бомбея английский пароход «Кинг Артур» с 50 тысячами пудов муки на борту для осажденной крепости.
В ночь на 30 ноября в третью атаку на «Севастополь» вышли 14-й и 20-й отряды миноносцев, два минных катера и отряд прикрытия. Миноносцы 20-го отряда были обнаружены береговыми постами, но прорвались сквозь открытый береговыми батареями и «Севастополем» огонь, с дистанции около полутора километров выпустили торпеды и скрылись в темноте. Миноносцы получили сильные повреждения, один из них (№ 64) лишился хода и был приведен на базу на буксире миноносца № 65.
Около четырех часов утра в атаку пошли минные катера с броненосцев «Микаса» и «Фудзи». Им удалось очень близко подойти к «Севастополю» и в упор выпустить в броненосец по торпеде. Только после этого катера были обнаружены и обстреляны. Катера получили незначительные повреждения и самостоятельно вернулись на базу. Обе торпеды попали в броненосец. Одна завязла в сетях и, не взорвавшись, затонула. Другая взорвалась в сетях, броненосец получил пробоину в подводной части шириной в 90 см, было затоплено помещение торпедных аппаратов. К утру пробоину заделали деревянным пластырем и откачали воду из затопленного помещения.
Днем 30 ноября «Севастополь» завел с кормы к берегу стоп-кран и подтянулся к берегу кормой, насколько позволяла глубина. За день носовую часть броненосца защитили дополнительной броней.
В эту ночь в 37 милях к югу от Порт-Артура подорвался на русской мине японский бронепалубный крейсер «Такасаго», а следующий день он затонул, погибли и умерли 280 членов экипажа.
В ночь на 1 декабря погода испортилась, задул свежий ветер, началась пурга. Перед бухтой Белый Волк встал дозор русских миноносцев и минных катеров. Пять японских миноносцев подошли к бухте, выпустили торпеды с большой дистанции и отошли. Одна торпеда попала в японский миноносец № 53, и он затонул со всем экипажем. (По другой версии, он потоплен огнем орудий «Севастополя».)
В ночь на 2 декабря погода улучшилась, лишь после полуночи пошел снег. По приказу адмирала Ямада в атаку на русский броненосец пошли все имеющиеся в распоряжении блокадного флота миноносцы 2-го, 6-го, 9-го, 10-го, 12-го, 14-го, 15-го, 16-го и 21-го отрядов и минный катер с «Фудзи».
В эту ночь «Севастополь» атаковали 23 миноносца и один минный катер. Они выпустили около 30 торпед в броненосец и его охранение, пять торпед попали в развернутые вокруг броненосца противоторпедные сети, четыре из них взорвались. Одна торпеда прошла между бонами у носа «Севастополя» и взорвалась в навесной сети, спущенной на особых стрелах для ограждения форштевня. Взрывом была повреждена обшивка около тарана и затоплено все таранное отделение.
В ночь на 2 декабря «Севастополь» выпустил девять 305-мм снарядов, 41 — 142-мм и несколько десятков 75—37-мм снарядов. Утром на берегу нашли пятнадцать японских торпед, из которых для нужд крепости извлекли около полутора тонн пироксилина и мелинита.
Ночь на 3 декабря выдалась темной, валил густой снег. Около трех часов ночи японские миноносцы пошли в шестую атаку, на этот раз они одновременно заходили с разных курсовых углов. Первыми пошли миноносцы 2-го отряда № 36, № 37 и № 49. Из-за сильного снегопада они не сразу нашли русский броненосец, но в итоге, пробившись через заградительный огонь, выпустили торпеды. Из 21-го отряда вышел в атаку только миноносец № 44, на котором находился командир отряда, капитан-лейтенант Эзози. Под прикрытием снегопада он подошел к «Севастополю» почти в упор и выпустил торпеду. Снарядом с броненосца Эзози был разорван на куски, но миноносцу удалось самостоятельно вернуться на базу.
Затем в атаку пошел 14-й отряд. Головной миноносец «Чидори» в густом снегу проскочил «Севастополь» и выпустил торпеду в пароход «Кинг Артур», а второй торпедой подорвал торпедный миноносец «Сторожевой». Следующим шел «Хаябуса». Подойдя к «Севастополю» вплотную, он выпустил торпеду. Концевыми шли «Касасаги» и «Манадзуру», пробившись через заградительный огонь, они выпустили торпеды и скрылись в темноте.
В эту ночь в «Севастополь» попало три торпеды. Одна взорвалась в сетях бона, вторая — в бортовых сетях, а третья попала в незащищенную кормовую часть броненосца. Взрыв сильно разрушил корму, в результате были затоплены рулевое, румпельное и провизионное отделения, поврежден кожух дейдвудной трубы. Подводная пробоина имела размер 3 × 1,5 сажени (5,4 × 2,8 м). «Севастополь» получил сильный дифферент на корму. Он отдал левый якорь и стал подтягиваться к берегу до тех пор, пока корма не села на грунт.