В 1611 г. переславский Никитский монастырь-крепость, оснащенный артиллерией, подвергся 2-недельной осаде польско-литовскими отрядами Я. Сапеги, был взят, сожжен и разорен, защитников его убили. Монастырь восстановили к середине XVII в. с помощью первого царя из династии Романовых – Михаила Федоровича (1596–1645, царь с 1613). К этому времени монастырь уже был весьма почитаемым. Ведь он был связан с земной жизнью не менее, чем трех святых: князя Бориса Владимировича, монахов Никиты Столпника и Даниила Переяславского (основателя переславского Свято-Троице-Даниловского монастыря), который стал монахом в конце XV в. именно в Никитском монастыре. К концу XVII в. благолепие монастыря еще более улучшилось, в нем возвели новые постройки. Оживление строительства было связано с тем, что в Никитском монастыре в этот период какое-то время жил молодой царь Петр I, увлеченный строительством «потешной» флотилии на Плещеевом озере. В царский период ризница Никитского монастыря славилась собранием древностей, в нем также бережно сохранялись старинные пушки. В 1920-е гг. монастырь закрыли, он был разорен и пришел в запустение. Но в конце 1993 г. Никитский монастырь возродился. В 2000 г. в нем были обретены во второй раз мощи преподобного Никиты Столпника; они пребывают теперь в действующей Благовещенской церкви. Рядом с ними лежат 16-килограммовые вериги – толстая цепь с 3 крестами грубой ковки, принадлежавшие Никите Столпнику. Желающим их возлагают на шею; верующие люди рассказывают, что при этом бывают исцеления от недугов.
Из строений Никитского монастыря сохранились до наших дней: Никитский собор (XVI в.), церковь Благовещения с трапезной и колокольней (XVI–XVIII вв.), надвратный храм святого архангела Гавриила, надвратная колокольня (1818), часовня над пещерой (столпом) Никиты Столпника (XVIII в., возведена по указу царя Петра I), монашеский корпус (XVIII в.), кельи и службы (XVII–XVIII в.), монастырские белокаменные крепостные стены (XVI в.). Никитский собор привлекает основное внимание. Первоначально он был построен в 1520 г. по велению великого московского князя Василия III Ивановича; это тогда уже был каменный собор; до наших дней дошла только его часть, сохранившаяся как южный придел большого собора 1560-х гг. Этот большой собор, с приделами во имя преподобного Никиты Столпника и во имя Всех Святых, был сооружен во имя святого великомученика Никиты (1564–1574); в нем первоначально покоились мощи святого преподобного Никиты Столпника. Поблизости от монастыря (500 м) находится колодец, выкопанный Никитой Столпником. Воду из колодца Никиты Столпника считают целебной. При колодце устроена купальня. Никитский монастырь имеет подворья: храмы Рождества Богородицы (с. Городищи
) и Святой Живоначальной Троицы (с. Троицкая Слобода). Сейчас в Никитском монастыре живут 10 монахов. Они продолжают ремонтно-благоустроительные работы, осуществляют духовно-просветительскую деятельность, обеспечивают работу воскресной школы для детей и взрослых, проводят беседы для военнослужащих, оказывают помощь нуждающимся, принимают паломнические группы.