Год от года рос авторитет митрополита Алексия. Фактически он был во главе не только Церкви, но и всего государства, так как Московские князья всегда следовали его советам. После смерти от чумы великого Московского князя Семена Ивановича Гордого (1353), при слабом Иване II Ивановиче (1353–1359) и в малолетство князя Дмитрия Ивановича (будущего Донского) митрополит Алексий был, в сущности, регентом-правителем.
Исцеление Тайдулы митрополитом Алексием
Известно, что святитель Алексий имел обширные познания в медицине в традиционном ее смысле. Имел он и экстрасенсорные способности. Прикосновением и движением рук он умел снимать головную боль, умалять некоторые другие недуги. Вероятно, из-за этого многие его современники воспринимали его как чудотворца, волшебника, а его недруги считали его колдуном. Исторически неопровержим факт исцеления им в 1357 г. от слепоты Тайдулы-хатуни-старшей, любимой жены хана Джанибека.
О чудном исцелении от слепоты ханши Тайдулы крепко помнили в Орде, уважали, но и побаивались митрополита Алексия. Это обстоятельство позволило во второй приезд митрополита Алексия в Орду, в том же 1357 г., отговорить сына убитого хана Джанибека и ханши Тайдулы – Бердибека – идти войной на Русь, если не выплатит она новую дань. Дважды ему удавалось уговаривать ханов сократить размер выплачиваемой в Орду дани. И дважды удавалось ему от правителей Золотой Орды получать особые ярлыки на льготы для Православной церкви (ярлыки от ханши Тайдулы в 1354 г. и от хана Бердибека в 1357 г.). Митрополит Алексий неоднократно выступал примирителем во внутренних распрях князей (например, Московского князя Дмитрия Ивановича с Тверским князем Михаилом и др.). Он был бесспорным главой Церкви, опытным администратором, искусным дипломатом, воспитателем личности Московского князя, первым и самым надежным борцом за его права, интересы. Фактически именно митрополит Алексий лучше всех русских князей продолжил дела Ивана Даниловича Калиты (его крестного отца), возглавляя концентрацию национальных сил вокруг Москвы.