Арафат озабоченно наблюдает, как возросла напряженность между Египтом и Израилем в первые месяцы 1967 года. Он не был заинтересован в начале войны, поскольку его организация еще не была оснащена для сопротивления израильскому врагу. Но Арафат не мог влиять на события. На воздушный бой между сирийской и израильской авиацией, который ясно продемонстрировал преимущество израильтян, Насер отреагировал резкими угрозами. В середине мая верховный главнокомандующий египетской армией объявил на территории Египта полную боевую готовность первой степени. В эти дни Гамаль Абдель Насер потребовал вывода вооруженных сил ООН, которые были размещены в демилитаризованной зоне Синайского полуострова.
Египетский президент заявил, что он должен иметь возможность беспрепятственно довести свои войска на Синайском полуострове до сектора Газа, чтобы в случае необходимости оказать помощь сирийцам, открыв второй фронт. 18 мая Генеральный секретарь ООН без предварительных консультаций с Советом Безопасности согласился на вывод войск ООН из демилитаризованной зоны. Уже 19 мая начался вывод этих контингентов.
Палестинские соединения ПОА заняли освобождаемые позиции. 22 мая Гамаль Абдель Насер выехал в инспекционную поездку на Синай. На следующий день он объявил о запрете израильским кораблям прохода по Красному морю. К этому времени король Хусейн решился на диалог с Насером для координации арабских вооруженных сил.
30 мая король Хусейн встретился с египетским президентом.
Хусейн сразу же выразил свое недовольство палестинскими партизанами. Насер согласился, что эту проблему следует основательно обсудить и приказал доставить на вертолете из сектора Газа тогдашнего шефа ООП Ахмеда Шукейри.
Встречу с Шукейри король описывает так: «Палестинец появился в вызывающе небрежном виде: без галстука, в открытой рубашке, в брюках хаки. Едва войдя в комнату, он устремился ко мне с протянутой рукой. Он сказал: «Я надеюсь после этого полететь в Иорданию, чтобы нанести Вам визит». Однако Насер перебил его: «Ты не потом полетишь в Иорданию, а уже сегодня, с Его величеством». Затем Насер сказал мне: «Вы можете взять Шукейри с собой. Если он причинит Вам неприятности, Вы можете просто запереть его в одну из Ваших башен. Так Вы снимете с меня эту проблему». Это был явный намек на постоянные утверждения Шукейри, что мы в Иордании будем держать палестинцев в тюрьме и жестоко с ними обращаться».
Время Шукейри на посту председателя ООП подходило к концу. Когда 5 июня 1967 года началась открытая война между арабами и израильтянами, то этот человек, который часто предсказывал, что в следующей войне израильтян сбросят в море, замолчал.
О поведении Шукейри в решающие дни Хусейн сообщает: «Шукейри покинул иорданскую столицу Амман в субботу 3 июня, на этот раз на нем была форма в духе Мао. Он поехал в Иерусалим, где устроил пресс-конференцию и сделал одно из своих воинственных заявлений. В понедельник он был в главном штабе верховного главнокомандующего в Аммане. На этот раз в штатской одежде. Он оставался там до вечера и казался очень уверенным.
Днем позже, 6 июня, он внезапно выехал в Сирию. Он хотел просить правительство Дамаска предоставить нам больше помощи. Этот пункт не заслуживает ни слова комментария».
На второй день войны ее исход был предрешен. Арабам пришлось смириться с поражением, равным позору. Как горькое бесчестье воспринималось то, что весь мир смеялся над снимками и описанием бегства арабов. Победители опубликовали фотографии ботинок, оставшихся лежать в пустыне. В прилагаемом тексте рассказывалось о египетских солдатах, которые снимали эти ботинки, чтобы босиком быстрее бежать с фронта. Эти фото воспринимались мировой общественностью и самими арабами как символ арабского поражения.
Редко в новейшей истории столь внезапно обнаруживалось такое резкое противоречие между пропагандой и реальностью. Громкие слова, которые произносили перед войной Гамаль Абдель Насер и Ахмед Шукейри, сделали арабов в свете военных событий посмешищем.
Руководство Фатах настоятельно подчеркивало, что его члены вели себя не как трусы. Арафат, которого начало войны застало в Дамаске, попытался вместе с пятью сотнями партизан из тренировочного лагеря Хаме, находившегося вблизи сирийско-израильской границы, сдержать продвижение израильтян на сирийскую территорию. После окончания боевых действий Арафат вновь оказался в Дамаске. Покидая лагерь Хаме, он отдал приказ обучающимся там партизанам искать в районе боев, теперь занятом израильтянами, оружие, брошенное при бегстве сирийскими соединениями.