В историческом контексте Геракл окончательно утратил божественность и превратился в героя-родоначальника. Известно, что дорийцы обосновывали свое владычество в Пелопоннесе тем, что ведут свой род от Геракла, потомка аргосских царей (мать Геракла Алкмена была супругой аргосца Амфитриона); согласно Паросской табличке, переселение дорян во главе с Гераклидами (прямыми потомками Геракла) в Пелопоннес произошло в 1128 г. до н. э.
Известно, что греки отождествляли Геракла со многими чужеземными богами. Как говорит по этому поводу Цицерон в трактате «О природе богов»: «Притом я очень хотел бы знать, какого Геркулеса нам следует почитать? Ибо те, которые исследуют тайные и малоизвестные письмена, сообщают, что Геркулесов было много: древнейший был рожден Юпитером, тоже древнейшим (потому что из древних греческих писаний мы узнаем, что и Юпитеров было много). От этого, стало быть, Юпитера и Лисифои и родился тот Геркулес, который состязался с Аполлоном за треножник. А другой Геркулес, египетский, был рожден Нилом.
Третий — из дигитов горы Иды, ему жители Коса приносят жертвы в честь подземных богов. Четвертый — сын Юпитера и Астерии, сестры Латоны, особенно почитаемый жителями Тира, которые считают, что Карфаген был ее дочерью. Пятый — в Индии, носит еще имя Бэл. Шестой — тот, который произошел от Алкмены и Юпитера, но Юпитера третьего, потому что и Юпитеров тоже много».
Характерный пример — отождествление Геракла с финикийским Мелькартом (четвертый Геракл в классификации Цицерона). Мелькарт, западносемитский бог солнца, мореплавания и торговли, считался божеством-покровителем финикийского города Тир. Греки по созвучию имен отождествили Мелькарта с Меликертом, сыном царицы Ино, которая вместе с ребенком бросилась в море, спасаясь от ревности богини Геры, и превратилась в морское божество: под именем Левкофеи и Палемона им поклонялись как помощникам терпящим бедствие. С Гераклом Мелькарта отождествили по сходству «функций»: и Мелькарт, и Геракл считались воинами и покровителями торговли. Кроме того, поздняя античная традиция приписала Гераклу деяния Мелькарта, а именно победу над змеем Тифоном (Йамму — над западно-семитским богом моря); согласно мифу, в этой схватке Геракл-Мелькарт погиб, но был воскрешен Эшмуном, богом умирающей и возрождающейся растительности (в греческом варианте — Иолаем, племянником и возничим Геракла). Это «объединение» Геракла и Мелькарта пытался использовать в своих интересах Александр Македонский, выводивший, кстати, свой род именно от Геракла. По сообщениям античных историков, Александр просил разрешения принести жертву Гераклу-Мелькарту в храме Нового города, на что тирийцы предложили царю совершить жертвоприношение в Палетире (Старом городе): ведь Александр наверняка войдет в город не один, а в сопровождении армии, чего они, стремясь сохранить нейтралитет между македонянами и персами, никак не могли допустить. Разумеется, жертва Гераклу и в самом деле была только благовидным предлогом со стороны македонского царя. Что касается тирийцев, уже в древности их ответ трактовался как двуличный: Арриан говорит, что они продолжали сомневаться в исходе войны между македонянами и персами, а Диодор прямо заявляет, что тирийцы рассчитывали «услужить Дарию, приобрести прочную его благосклонность и получить богатые дары за свою услугу: отвлекая Александра длительной и опасной осадой, они давали Дарию возможность спокойно готовиться к войне».
Плутарх передает забавные легенды. В начале осады Александр увидел сон: Геракл стоит на тирской стене и дружески машет рукой своему потомку. Этот сон был истолкован как предвестие падения города после долгой и упорной осады. Другой сон приснился кому-то из тирийцев: будто Аполлон (очевидно, тот же Мелькарт, отождествлявшийся с Аполлоном как солнечное божество) сказал, что он перейдет к Александру, так как ему не нравится то, что происходит в городе. Тогда, словно человека, пойманного с поличным при попытке перебежать к врагу, тирийцы опутали огромную статую бога веревками и пригвоздили ее к цоколю, а затем привесили на шею статуе табличку с надписью «Александров прихвостень».
Эти меры предосторожности Тиру не помогли — город был взят штурмом и разрушен, а статую Геракла-Мелькарта вывезли в Грецию.