С этим подходом, однако, не согласны все сколько-нибудь значительные современные компаративисты. Сравнительно-исторический метод, основанный на спорной гипотезе о родословном древе, работал и работает, дал и продолжает давать науке много нового. А построить сколько-нибудь равноценную методику на основе какой-либо иной теории не удалось. Теоретические идеи Бодуэна де Куртенэ были очень разумными, но как на их основе работать с массами языкового материала, осталось неясным. Трубецкой же вообще снимал всю проблему с повестки дня, хотя ряд результатов, полученных компаративистами, слишком впечатляющ.
Наоборот, в ХХ в. традиционная компаративная методика была усовершенствована. Особенно надо отметить крупнейшего российского компаративиста Сергея Анатольевича Старостина (1953–2005), деятельность которого опережала мировой уровень этой дисциплины. Он продолжил и значительно продвинул начатые в середине ХХ в. Владиславом Марковичем Илличем-Свитычем (1934–1966), Ароном Борисовичем Долгопольским (1929–2012) и Владимиром Антоновичем Дыбо, ныне академиком, исследования дальнего родства языков. В рамках ностратики выявляются связи между индоевропейской семьей и другими семьями: уральской (финно-угорские языки, а также ненецкий и ряд других языков севера Сибири), алтайской (тюркские, монгольские, тунгусо-маньчжурские, японский и корейский языки), картвельской (грузинский и другие языки Закавказья) и, возможно, некоторыми другими. Всё это, по мнению упомянутых лингвистов, — часть более обширной ностратической макросемьи. Школа С. А. Старостина выдвигает и обосновывает и другие гипотезы о древнейших родственных связях языков мира. Не все лингвисты принимают эти гипотезы, как и ностратику, но исследования такого рода позволяют углубиться в языковое прошлое вплоть до 8–10 тысяч лет до н.э. И вопрос о прародине индоевропейцев продолжает обсуждаться.
«Родословное древо» — это не краеугольный камень теории, а методическое правило, заведомо идеализирующее реальность. До сих пор лингвисты имеют развитую методику движения в сторону схождения языков, но не могут двигаться в сторону их расхождения. Лингвист на первом этапе должен исходить из презумпции верности данного правила, но бывает, что идеализация оказывается слишком значительной и далее приходится вводить коррективы. Иногда, однако, корректировать требуется столь много, что пока компаративисты по-настоящему не охватили некоторые языки своим методом. Так, по-видимому, обстоит дело с креольскими языками. Показательно, что, например, в сравнительных грамматиках германских языков всегда присутствует английский язык, но игнорируются идиш, африкаанс (язык буров Южной Африки на голландской основе) и тем более ток-писин и другие креольские языки. Попытки же видеть в концепции родословного древа «божью правду» могут приводить к исторически не оправданным решениям, против которых предостерегал Трубецкой.
Вопрос о компаративной теории, адекватной методу, однако, остается открытым, и лишь в последнее время наши ведущие компаративисты начинают им заниматься. Кроме того, существуют специальные процедуры, помогающие увеличить достоверность реконструкций. К их числу относятся вероятностные обоснования тех или иных реконструкций, в которых используют данные типологии. Если в результате реконструкции получается система, не зафиксированная ни в одном реальном языке (вроде упомянутой выше системы с одной гласной фонемой), то вероятность существования такой системы очень мала. Желательно провести реконструкцию так, чтобы ее результаты не противоречили типологическим данным и укладывались с некоторой вероятностью в рамки того, что бывает в языках.