Таким образом, подобно аль-Фараби Ибн-Сина в целом следует продуманной системе, которой руководствовался составитель корпуса аристотелевских сочинений, помещая «Метафизику» между естественнонаучными произведениями Стагирита и его работами, относящимися к области практического разума. Этот составитель, следуя распространенной у стоиков традиции делить философию на логику, физику и этику, рассматривал вошедшие в «Метафизику» работы как сочинения, в которых дается трактовка фундаментальных проблем естествознания, а книгу , посвященную концепции перводвигателя, вынес в конец как трактат, обеспечивающий переход от физики к этике (последние две книги «Метафизики» — М и N — считаются позднейшими вставками). В классификации наук Ибн-Сины трактовка фундаментальных проблем естествознания дается во «всеобщей науке», включающей два первых из упоминавшихся выше пяти разделов метафизики, а переход к этике и другим практическим наукам обеспечивается «божественной наукой», которая охватывает остальные три раздела метафизики, но по объему значительно уступает предшествующей ей «всеобщей науке» как в «Книге исцеления», так и в ее сокращенных вариантах. Ближайшим же образом этот переход от теоретических наук к практическим (политика, домоводство и этика) осуществляется через науку о пророчестве и откровении, каковая носит чисто утилитарный, прикладной характер. Следует при этом отметить, что, поскольку с вопросами, касающимися «божественной науки», имеет дело не только метафизика, но и физика, в частности психология, то теологическая тематика затрагивается и здесь.
Взаимосвязь теоретических наук Ибн-Сина прослеживает с точки зрения их общности по исходным принципам, по предмету исследования и по рассматриваемым в них вопросам. Так, относительно их взаимосвязи с точки зрения предмета исследования он указывает на случай, когда одна из двух каких-то наук рассматривает объект в общей форме, а другая — в специальной (например, если физика изучает человека в безотносительном смысле, то медицина — в отношении состояния его здоровья), и на случай, когда один и тот же объект исследуется двумя науками в двух разных аспектах (тело Вселенной, к примеру, изучается физикой как объект, имеющий в себе самом начало движения и покоя, а астрономией — с точки зрения его количественных характеристик).
Пересечение предметов различных наук предполагает их взаимодействие в том смысле, что одни науки опираются на другие, черпая из них свои основоположения. Такая взаимосвязь бывает троякой. Во-первых, одна из двух каких-то наук может подчиняться другой, и тогда нижестоящая наука будет черпать свои принципы из вышестоящей — например так, как наука о музыке заимствует свои основоположения у арифметики, медицина — у физики или все науки совокупно — у «первой философии». Во-вторых, обе науки могут иметь один и тот же предмет исследования, но одна из них будет рассматривать его с сущностной стороны, а другая — с акцидентальной, и тогда первая будет делиться некоторыми принципами со второй — например так, как физика, на которую опирается астрономия, делится с ней положением о том, что движение небесных тел должно быть непременно круговым. В-третьих, две пауки могут изучать объекты, выступающие в качестве видов одного какого-то рода, и тогда более простая наука будет снабжать принципами менее простую — например так, как обстоит дело с арифметикой и геометрией, которые исследуют два вида количества и из коих первая делится своими принципами со второй. Субординация наук, однако, не означает обязательную односторонность существующей между ними связи: «Большинство основоположений частной науки, подчиненной какой-то другой науке, проверяется только вышестоящей наукой, по и принципы вышестоящей науки часто проверяются нижестоящей частной наукой» (13, 530).
Классификация наук у Абу-Али может создать иллюзию, что частные науки для него служили лишь отдельными областями применения принципов, прямо или опосредствованно выводимых из метафизики как «науки наук», тем более что предметы этих наук он сам же характеризует как сущностные акциденции предмета первой философии. Более того, положение, занимаемое в последней «божественной наукой», теологией в собственном смысле слова, вообще как будто свидетельствует о служебной по отношению к ней роли не только всех частных наук, но и самой метафизики. И философия тогда оказывается «служанкой» богословия.