С другой стороны, Эхнатон, подобно Хеопсу, тоже хотел стать единственным богом египтян и тоже организовал гонения на жрецов и святилища конкурирующих культов. Взойдя на престол, Аменхотеп постепенно стал выдвигать, в противовес старым богам, культ ранее малоизвестного бога Атона, олицетворяющего солнечный диск. На третьем году своего правления Аменхотеп начал строить в Фивах храм в его честь. Атон изображался в образе человека с головой сокола, увенчанной солнечным кругом. На конец четвертого года правления приходится резкий перелом в отношении царя, с одной стороны, к Атону, с другой — к старым богам. Эхнатон провозгласил себя богом, вечным существом, спасающим и приводящим к вечной гибели. Солнечный диск, Атон, становится небесной, природной "иконой" самого царя. Поэтому меняется и само изображение Атона. Прежний образ человека с головой сокола, увенчанной солнечным кругом, заменился новым — круг с солнечной, или царской, змеей-уреем спереди и множеством устремленных вниз лучей с кистями человеческих рук на концах. Впрочем, без большой стройки снова не обошлось. До восьмого года царствования фараона усиленно отстраивается новая столица. Там был сооружен огромный дворец Эхнатона, построенный в основной своей части из белого камня. Этот дворец считают самым большим из всех гражданских зданий древности. Длина восточного фасада Главного дворца составляла почти 700 метров. Стены дворца были покрыты сюжетными и орнаментальными росписями, отделаны цветными изразцами; полы, потолки и лестницы красочно расписаны; колонны со сложными капителями раскрашены и инкрустированы цветным фаянсом.
Кроме главного дворца в Ахет-Атоне было построено еще несколько дворцов, меньших по размеру, но столь же пышно отделанных. Там же был построен и главный храм Атона, получивший название Дом Атона. Он состоял из двух громадных каменных сооружений внутри прямоугольной ограды, вытянутой в длину на расстояние 800 метров.