Американская служба радиоперехвата не дремала и смогла вовремя предупредить командовавшего Тихоокеанским флотом адмирала Нимица о надвигающихся крупных неприятностях. В результате Нимиц отозвал 16-е и 17-е оперативные соединения, построенные вокруг авианосцев «Йорктаун» и «Лексингтон». Американцы отказались от попытки воспрепятствовать японскому десанту ввиду подавляющего превосходства противника – бой в Коралловом море не состоялся. Японцы без сопротивления высадились на южном побережье Новой Гвинеи и захватили стратегически важный для последующих действий в данном регионе Порт-Морсби. Соединение Нагумо, продолжая сложившуюся практику по изоляции района боевых действий путем разрушения баз снабжения, нанесло авиаудар по Таунсвиллу, превратив его в груду развалин. После этого авианосное соединение вернулось в Японию, где в его состав вновь вошел после ремонта авианосец «Кага», а корабли, вернувшиеся из индийского похода, получили долгожданный отдых и ремонт. Авиагруппы были пополнены новыми летчиками и самолетами (впервые с начала войны).
В июне, таким образом, наступила оперативная пауза. К июлю у японцев в строю было 6 ударных авианосцев, а у американцев 5 (поврежденный подводной лодкой «Саратога» вернулся из ремонта). Американский Тихоокеанский флот также был усилен новыми линкорами «Норт Каролина» и «Вашингтон», переведенными из Атлантики, где они недолгое время взаимодействовали с Королевским флотом.
В этой ситуации японское командование оказалось на распутье. Цели, поставленные перед войной, достигнуты, добровольно уступать инициативу и переходить к обороне – не хочется. Японский Морской Генеральный штаб предлагал развернуть полномасштабное наступление на Австралию, но это требовало огромного количества торгового тоннажа, а его и так катастрофически не хватало. Армия предпочитала действия на континенте – против Индии и Китая и требовала, чтобы флот оказал необходимую поддержку. Командующий японским флотом имел свои собственные соображения. Ямамото подготовил операцию, имеющую целью навязать Тихоокеанскому флоту США генеральное сражение. Целью были выбраны Алеуты. Лучший флотоводец Японии рассуждал довольно просто: объектом нападения должна быть территория США, за которую будут драться из соображений престижа. Алеуты же слабо связаны с метрополией, что осложнит противнику развертывание сил. В то же время они находятся недалеко от Японии, что, в свою очередь, облегчает развертывание сил вторжения. Сложные погодные условия в регионе должны дать дополнительные преимущества более опытным японским летчикам.
План операции, разработанный под руководст-вом Минору Генды – лучшего штабиста Объединенного флота, представлял собой сложную многоходовую комбинацию: сперва соединение Нагумо сосредотачивается на Курилах и скрытно выдвигается в район южнее Алеут, маскируясь в зоне плохой погоды. Затем наносится массированный авиаудар по Датч-Харбору и основным аэродромам в окрестностях. На западные и центральные Алеуты высаживается десант, под прикрытием сил вторжения адмирала Кондо (включающих в себя среди прочего 2 линейных крейсера типа «Конго» и 4 тяжелых крейсера типа «Могами»). Соединение Нагумо после нанесения удара оттягивается южнее с целью прикрыть силы вторжения от флота США, подходящего с Гавайев для контратаки. Севернее Гавайев заранее развертывается завеса подводных лодок для контроля за перемещениями американских оперативных соединений. Также для этой цели организуется специальная операция с участием гидросамолетов с Мидуэя. Параллельно с наступлением на Алеуты готовится отвлекающая набеговая операция против передовой американской базы на атолле Джонстон, расположенном в 700 милях к юго-западу от Гавайев. В этой отвлекающей операции задействуются легкие авианосцы «Рюдзе» и «Дзунье», два тяжелых крейсера и несколько эсминцев.
Проблема для японцев заключалась в том, что американцы к этому времени уже довольно уверенно расшифровывали японские переговоры, что позволило Нимицу вскрыть общий замысел японской операции. Соблазн был слишком велик, и командование Тихоокеанского флота решило «подловить» японцев на контратаке, используя все пять своих авианосцев и базовую авиацию на Алеутах. В связи с этим группировка на Алеутах начала усиливаться. Туда отправлялись береговые РЛС, самолеты, войска. Велись также усиленные работы по инженерной подготовке района. Флот был представлен в операции двумя соединениями: ТФ16[27]
Спрюэнса (три новейших авианосца типа «Йорктраун», линкор «Норт Каролина», а также крейсера и эсминцы эскорта) и ТФ17 Флетчера (два авианосца типа «Лексингтон», линкор «Вашингтон», крейсера и эсминцы).Японцы, в свою очередь, смогли вскрыть развертывание американского флота лишь частично, обнаружив выход из Перл-Харбора и выдвижение на север соединения Спрюэнса. Выдвижение соединения Флетчера из Сан-Диего осталось незамеченным, и его появление в районе грядущего сражения стало неожиданностью для Нагумо. Весьма неприятной неожиданностью.