Тем временем Навуходоносор, разбив египтян, возобновил осаду. Огромные земляные валы выросли до высоты стен вокруг города. Исполинские костры раскаляли добела кирпичи и они трескались, образуя трещины в цитадели. 9 июня 586 г. халдеи ворвались в город, предавая все огню. Пылали кварталы и склады, рухнул объятый пламенем Храм. Царь Седекия со своими отрядами пытался бежать через брешь в стене, но был настигнут халдеями и взят в плен. Основная масса народа последовала за ним.
Иеремия был оставлен в городе с небольшой частью населения. Вавилонские власти относились к нему с уважением, так как были наслышаны о его деятельности. Это было вдвойне горько пророку Вскоре остатки иерусалимлян подняли безнадежный мятеж и, спасаясь от возмездия, бежали в Египет. Они увели с собой и Иеремию. На этом его следы теряются навсегда.