По убогому положению своей кафедры патриарх Софроний предпринимал многие странствия для сбора милостыни, сперва в Египет и на гору Синайскую, куда сопутствовал ему гость и богомолец русский, Трифон Корабейников, присланный Иоанном Грозным с царскими повиновениями по душе убиенного им царевича Иоанна. Потом отправился в Царьград и еще далее в Молдавию, где получил в дар для Св. Гроба монастырь Круию от благочестивого воеводы Петра. Он хотел продолжать свое путешествие и в Россию, ибо там находился в то время святейший Иеремия Константинопольский, который возвеличил достоинством патриаршим митрополию Московскую и всея Руси, но должен был отложить свое путешествие по смутным обстоятельствам времени.
По возвращении патриарха Иеремии в Царьград Софроний, вместе с прочими святителями восточными, подписал утвердительную грамоту о возведении Иова в сан патриарший и присутствовал вместе с Иеремиею и Мелетием Александрийским на другом соборе, которыми отвергнут новый календарь папы Григория XIV, распространяемый по Востоку. Когда же впоследствии Софроний, по своим преклонным летам, не мог более странствовать для сбора милостыни, он рукоположил себе преемником благочестивого Феофана, воспитанного при нем с юных лет, подобно как и он сам был избран сперва в сотрудники старцу Герману; Феофан был посылаем им по многим странам, чтобы пожертвованиями православных христиан поддержать святыню палестинскую, оспариваемую иноверцами. Местное предание говорит, что так как двери храма Воскресения были заключены турецкою стражею и приходящие богомольцы, мужчины и женщины, по необходимости обедали и спали внутри храма, то Софроний хотел воспретить беспорядки, недостойные святости места, но ему явился в сонном видении сам Господь Иисус Христос и сказал: «Епископ! Я терплю это, а ты для чего хочешь воспретить народу Моему оставаться в Моем храме? Довольно их благочестия, о прочем же подобает приложить попечение».
Мы имеем свидетельство о состоянии св. мест в исходе XVI века, чрез двух поклонников, одного восточного, другого западного, которые посетили Палестину во дни святительства Софрониева. Трифон Корабейников, посланный Иоанном, описывая красоту храму Воскресения, говорит, что купол его не доделан, потому что турки, однажды разорив оный, не допускают исправить; но это, вероятно, относится к повреждению, случившемуся от упавшей при землетрясении колокольни. Достойно замечания, что в храме, где, по словам Трифона, все исповедания различных народов имели свои малые престолы, около главного собора греческого болгары воздвигли себе престол, над самою крышею часовни Св. Гроба, и там совершали богослужение, под открытым куполом. Рассказ его, о сошествии огня в Великую субботу, исполнен теплой веры. Христиане угашают огни в домах своих еще с Великого четверга, ожидая появления небесного; Гроб же Господний запечатывают; в день субботний патриарх, взошедши в великую церковь, молит со слезами Господа о ниспослании божественного света, и, когда узрит его, как луч солнца, нисходящий сквозь отверстие купола на Св. Гроб, он совершает вокруг крестный ход со всем духовенством, приказывая туркам отпечатать святилище. Тогда входит один внутрь его, износит святой огонь, который раздает всем верным и иноверным, и огонь сей не жжет, доколе еще в руках патриарших, а на Св. Гробе возжигаются сами собою все кандила православных.
Трифон застал еще тринадцать обителей православных в самом Иерусалиме и рассказывает о монастыре св. Михаила, служившем вместо подворья для иноков св. Саввы, что, когда турки разорили верх церковный, два старца, Моисей и Мефодий, испросили в России милостыню на обновление сей церкви от царя Иоанна Грозного и митрополита Макария. Довершив с дозволения султанского строение, иноки едва не подверглись сами лютой смерти от неверных; ибо паша иерусалимский захотел обрушить опять купол и найден был в ту же ночь мертвым в своей ложнице; стража турецкая устремилась на обитель, но, обретши иноков на молитве, удалилась, пораженная внезапным ужасом. С изумлением описывает Трифон великолепие лавры св. Саввы и особенно соборной его церкви, иссеченной из огромных камней, с резным иконостасом, ярко вызолоченным, и со стенною живописью; кроме собора еще пять церквей и все хозяйственные заведения обители находились в лучшем устройстве; ибо тогда сербы еще владели лаврою, которую обновили в самое цветущее время их царства. Они приобрели ее от греков, вынужденных оставить древнюю свою обитель по нестерпимым гонениям арабов в 1504 г., и выстроили для защиты оной башню с приделом св. Симеона; оттоле один из иноков, стоявший на всегдашней страже, подавал знак о приближении бедуинов; но в исходе XVI века и сербы, в свою чреду, оставили лавру, ибо уже не в силах были поддерживать, и она пребывала в упадке около ста лет, до времен патриарха Досифея. Трифон застал, вероятно, лавру уже в последние годы обладания сербского (1583 г.).