Португальская принцесса Мария, дочь короля Хуана III, выданная по настоянию Родригеца замуж за испанского принца Филиппа, сына Карла V, в 1543 году, привезла с собою в Вальядолид, тогдашнюю столицу Испании, Лефевра и Араоца. Эти два даровитых иезуита приобрели покровительство вице-короля Каталонии, герцога Франциска Борджиа-Гандиа, правнука по матери короля Фердинанда-Католика; этот знатный вельможа, правнук по отцу папы Александра VI и брат двух кардиналов, был ревностный католик и, заботясь о спасении своей души по рецепту Лойолы, дал широкий простор иезуитам в управляемых им областях и поддерживал их при каждом случае. В скором времени в университетском городе Алкала де Генарес была учреждена первая в Испании иезуитская коллегия, а затем коллегии появились в Малаге, Гренаде, Кордове, Севилье, Бургосе, Барселоне, Мурсии и пр. и пр. Блестящи были успехи Лефевра, оставшегося провинциалом после перевода Араоца в Неаполь, но упорна была и борьба его с врагами иезуитов. Кардинал Мендоза дал средства на устройство коллегии в Саламанке, но против этого восстали все профессора университета с Кано во главе; этот знаменитый богослов без стеснения заявлял всем, что приближается конец света, так как появились иезуиты, “предтечи антихриста”. Толедский архиепископ Силичео принял сторону университета, и его викарий принялся выживать последователей Лойолы, подвергнутых отлучению от церкви, из всей саламанкской епархии. Лойола, интересуясь особенно своею родиною, принял деятельное участие в борьбе, и последствия не замедлили показать его могущество; профессор-богослов Кано был командирован представителем Испании на тридентский собор, а затем был назначен епископом Канарских островов; архиепископ Силичео смирился перед буллою 18 октября 1549 года “Licet debitum”, объявившей иезуитов под особым покровительством папского престола, и вскоре почему-то скончался. Провинциал Страда, заменивший Лефевра, отправленного в Германию, с торжеством вернулся в Саламанку, в сопровождении гуэскского епископа, освятившего лично здание коллегии. Торжество иезуитов было полное, и даже малограмотный ректор барселонской коллегии, Виллануово, приобрел множество новых членов ордену.
В Нидерланды, подчиненные также скипетру Карла V, иезуиты попали через Францию и раньше всего основали свою коллегию в Турне, а затем постепенно устроились в Антверпене, Брюгге, Люттихе, Генте, Брюсселе, Монсе, Лилле, Дуэ и Мастрихте; первое время коллегии в этих городах были скромно и даже бедно обставлены, так как духовные ордена не имели права приобретать имущества в Нидерландах, но впоследствии иезуиты сумели обойти этот закон и приобрели дома и земли среди фламандцев и валлонов. В Германии, главном очаге протестантизма, первое время успехи пропаганды были очень слабые. Первыми явились туда ле Жэ и Бобадилья, затем к ним присоединился Лефевр; они участвовали в переговорах на рейхстагах в Регенсбурге и Вормсе, где простой народ был до такой степени раздражен против ле Жэ, что хотел утопить его в Дунае. Пришлось спасаться бегством, и ле Жэ нашел приют в Ингольштадте, где баварский герцог Вильгельм II дал ему профессуру. Бобадилья устроился в Вене под покровительством эрцгерцога Фердинанда, брата императора, а Лефевр поселился в Кельне, начав серьезную борьбу с антикатолическими идеями; при этом он привлек под знамя Лойолы голландца Канизиуса, настоящая фамилия которого была ван Гондт. Этот уроженец ганзейского города Нимвегена пользовался репутацией дельного преподавателя и впоследствии прославился “кратким катехизисом”, принятым во всех учебных заведениях католической Германии. Медленно воздвигались иезуитские коллегии в Вене, Инсбруке, Праге, Мюнхене и Ингольштадте, но со вступлением на императорский престол Фердинанда I дела изменились и быстро появились коллегии в Майнце, Трире, Граце, Галле и Диллингене; затем иезуиты вторглись в Чехию, Мадьярию, Польшу и Литву.