Прибыв в Париж, Лойола поступил 1 февраля 1528 года почему-то не в университет, а в коллегию Монтегю на улице Семи дорог (Sept-Voies), желая ознакомиться с гуманитарными науками. Одновременно с этим он опять взялся за исправление нравов и на первых же порах был схвачен служителями инквизиции; верховный инквизитор парижский, доминиканец Ори, допросил его, удовлетворился представленными объяснениями и отпустил с миром после нескольких дней ареста. Обрадованный успехом Лойола продолжал ревностно свои проповеди, привлек трех новых учеников, имена которых неизвестны, и устроил общежитие. Благотворительность в Париже была очень ничтожна, так что вновь образовавшееся общежитие буквально голодало. Серьезно озабоченный этим, а может быть и по другим причинам, в том же 1528 году Лойола предпринял таинственную поездку во Фландрию и Англию, откуда возвратился с богатым подаянием, которого могло хватить общежитию на несколько лет. После того он начал усердно заниматься и даже для большей успешности сократил число часов, посвящаемых молитве, что для человека набожного, каким был несомненно Лойола, считалось большою жертвою. Однако из восемнадцати месяцев, проведенных в коллегии Монтегю, Лойола мог посвятить собственно учению только шесть; целый год был истрачен на различные поездки, житейские хлопоты и проповеди. Считая себя все-таки достаточно подготовленным, Лойола перешел на философские курсы в коллегию св. Варвары на Реймской улице; эта коллегия была основана в 1460 году профессором из Наварры Ленорманом и управлялась особым советом из монахов, тогда как коллегия Монтегю, основанная в 1314 году руанским архиепископом Жиллем Айселэн де Монтегю, имела характер более светский и управлялась единолично провизором.
Три ученика, завербованные Лойолой, не удовлетворяли его, и он решился усилить состав общежития. С этой целью он начал пропаганду среди товарищей по коллегии. Ораторский талант, несомненно развившийся к этому времени у Лойолы, привлекал к нему множество слушателей, заинтересованных живым словом, а не схоластическою риторикой, лишенною глубины и мысли. Случилось однажды, что целый курс собрался слушать проповедника, оставив старичка-профессора одного в зале; оскорбленный преподаватель пожаловался приору коллегии, что Лойола бунтует студентов, и приор внес в совет монахов требование высечь виновного. Председательствующий монах Говеан, родом из португальских дворян, потребовал Лойолу, выслушал его оправдательную речь, пришел в умиление, расплакался и объявил в совете, что перед ними святой человек. Отпущенный с честью Лойола тем не менее потерял авторитет среди товарищей, которые от него отвернулись, как от предназначенного к сечению. В это же время покинули по неизвестным причинам общежитие и три ученика, быть может, недовольные строгостью своего старшего. Огорченный этими неудачами, Лойола усердно начал заниматься науками, окончил курс в коллегии св. Варвары с ученой степенью того времени “magistre es arts” и в 1532 году поступил на богословские курсы в доминиканский монастырь на улице св. Иакова. Таким образом, за все свое пребывание в Париже Лойола почему-то не нашел нужным слушать лекции университетских профессоров; по недостатку материалов трудно сказать, не было ли связи между этим избеганием университета и путешествием Лойолы от Саламанки до Парижа, а также поездкою его во Фландрию и Англию.