На римском престоле в это время был Павел III из дома Фарнезе. Добродушный и недалекий, он набрался, однако, смелой решимости заглянуть в пропасть, куда начинало скользить католичество, и с этою целью назначил особую верховную комиссию, которой поручил расследовать и донести ему о причинах упадка веры, а также о мерах, которые, по мнению комиссии, следовало принять для исправления совершающегося зла. В эту комиссию вошли: кардиналы Караффа, Контарини, Садолет и Поль, кроме того, салернский архиепископ Фрегозо, бриндизский архиепископ Алессандри, веронский епископ Джиберто, аббат венецианского монастыря св. Георгия Кортези и доминиканец Бадиа. Перечисленные лица, образованнейшие и преданнейшие римскому престолу в ту эпоху, выполнили возложенную на них щекотливую задачу с величайшею добросовестностью и составили обширную докладную записку, в которой изобразили действительное положение папской столицы. Картина, набросанная ими, превзошла своими мрачными красками все, что когда-либо осмеливались говорить лютеране, кальвинисты, англикане, реформаторы, цвинглиане и другие враги католической церкви. Павел III ужаснулся, читая одно перечисление двадцати восьми главнейших зол, превращавших Рим в разнузданный лагерь тунеядцев, развратников и преступников; одно перечисление самых необходимых, по мнению комиссии, мероприятий для поддержания престола св. апостола Петра, давало ясное понятие о том, что делалось среди близорукого католического духовенства в первой половине XVI столетия. Требовалось следующее: суровая цензура над позорным поведением монахов; старательное искоренение предрассудков, поддерживаемых и усиливаемых монастырями; обязательное прекращение развращающей весь причт симонии, или торговли церковными должностями; освобождение духовенства от обетов безбрачия, так как внебрачное сожительство сделалось вполне обыденным явлением и зачастую видели епископов, у которых отец и дед, а иногда мать и бабка были прелатами и князьями церкви; коренное изменение духа и направления университетского преподавания, подрывавшего в корне авторитет церкви; назначение священникам и капелланам определенного жалованья, для уничтожения их алчного лихоимства и мздоимства. Вникнув серьезно в содержание докладной записки, Павел III испугался громадности задуманной реформы и, по обычаю многих своих предшественников, отложил дело в долгий ящик, передав исторический документ комиссии на хранение в ватиканский архив, где он лежит до сих пор.
В это-то тревожное для католической церкви время Лойола поселился в Венеции, ожидая товарищей. Вид республиканского и торгового города напомнил ему минувшие годы, когда он ездил в Иерусалим, и ему очень не хотелось предпринимать поездки в Святую землю, где гордого и самолюбивого васкона могли опять встретить унижения и оскорбления. В конце концов он решился не ездить туда. Когда прибыл Лефевр с товарищами, Лойола представил им трех новых сочленов, завербованных в самой Венеции его стараниями; это были два зажиточных брата из испанской Наварры, Эстебан и Хаим Эгвиа, и талантливый богослов Госец, родом андалузец из полумавританской Малаги. На расспросы прибывших Лойола рассказал, что, покончив дела в Испании, он заехал почему-то в Валенсию, оттуда на корабле достиг Генуи, а затем пешком, побираясь Христовым именем, поплелся на место свидания; так как подаяния были очень скудны, то часто приходилось Лойоле голодать, а под Болоньей он едва не умер от истощения. Трудно верится этому рассказу, так как известно, что у Лойолы были в это время значительные деньги, собранные с собственного наследства и после ликвидации имущества Ксавье, Лайнеса и Сальмерона. На вопрос товарищей, когда же они отправятся в Палестину, он уклончиво объяснил, что теперь зима и потому переезд может быть крайне тяжелым, а лучше всего дождаться весны, то есть марта и апреля. Вслед затем Лойола предложил членам братства не терять даром времени, а принять на себя уход за больными в госпиталях св. Иоанна, св. Павла и для неизлечимых; те последовали безропотно этому приказанию и усердно взялись за дело, причем больше всех прославился Ксавье. Оставшись один, Лойола принялся исправлять и наставлять в делах веры венецианцев, когда-то осмеявших его.