Занимаясь всем вышесказанным, Лойола зорко следил за первыми шагами в свете своих сочленов, ободряя одних, сдерживая других, исправляя промахи третьих; главнейшая задача ордена преследовалась им неутомимо, и многие из его подчиненных действовали в этом отношении единодушно и с блестящим успехом. Желая поддержать доверие к себе, генерал повторил чудо 1537 года: проезжая с Виоле 29 августа 1541 года по мосту Сикста, он вдруг остановился и с молитвой объявил, что видел улетающую душу Кодюра, который умер в это время в Падуе. Видя рвение и усердие Лойолы в исполнении принятого им на себя обязательства бороться с врагами католической церкви и папского престола, Павел III обнародовал 14 марта 1543 года буллу “Injunctum nobis”, в которой разрешил ордену иметь неограниченное число членов и, кроме того, в знак полного своего доверия дал право генералу изменять статьи устава сообразно с обстоятельствами и требованиями времени, без ведома самого папы. В силу таких обширных полномочий Лойола сделал некоторые изменения во внутреннем устройстве ордена; до сих пор члены ордена делились на два класса: послушников и исповедников четырех обетов; находя это не соответствующим действительным потребностям растущего не по дням, а по часам ордена, Лойола ввел постепенно еще два класса, духовных и светских кандидатов. Эта реформа была одобрена новою буллой 5 июня 1546 года “Exponi nobis”. Затем для послушников Лойола сделал обязательным изучение его “Духовных упражнений”, написанных по-кастильски еще в Манресе. Когда враждующий с иезуитами архиепископ толедский Силичео запретил формально употребление этой книги, переполненной описаниями военных действий Иисуса Христа против сатаны, неугомонный генерал вызвал к себе наиболее образованных “кандидатов” и велел им сделать перевод по-латыни; лучшим переводом оказался труд француза Андре Фрюза. Его перевод напечатали и передали покровителю испанских иезуитов, герцогу Франциску Борджиа-Гандиа, а тот представил его Павлу III; папа рассмотрел и одобрил “Духовные упражнения”, о чем и заявил 31 июля 1548 года в булле “Approbario exercitiotum”, настоятельно рекомендуя их всем набожным людям и порицая сурово хулителей книги.
Родригец и Ксавье были избраны самим Лойолой, когда португальский король Хуан III, снесшись письменно со своим другом Говеаном, провизором коллегии св. Варвары в Париже, обратился "Через своего посланника в Риме Маскареньяса, родственника Алиеноры Маскареньяс и духовного сына самого Лойолы, к папе с просьбой прислать иезуитов для исправления веры и нравов португальцев. Потрудившись сначала совместно и овладев доверием слабохарактерного и недалекого по уму Хуана III, Ксавье отправился в португальскую Ост-Индию в качестве папского легата. Это было в мае 1541 года. Побывав в Мозамбике, Ксавье прибыл в Гоа и принялся ретиво и своеобразно обращать туземцев в христианство; он учил детей молитвам, платя за это сластями, а когда те твердо отвечали урок, приказывал учить родителей и заносил семью в список христиан. Индусы смеялись над оригинальным миссионером и прятались от него, если он являлся с военным конвоем. Недовольный сдержанностью вице-короля, не дававшего ему батальонов, Ксавье заставил Хуана III сместить его, а затем, воспользовавшись случаем, отправился в Индо-Китай, на полуостров Малакку, на Зондские, Молуккские и Филиппинские острова, долго жил в Японии и умер 3 февраля 1552 года у южной границы заветного для него Китая, обратив по своему способу почти 200 тысяч человек в христианство и вытребовав в Гоа доминиканских инквизиторов для поддержания повиновения среди бунтующих туземцев. Ксавье признан, однако, папой святым и прозван апостолом Индии.