2 февраля 1906 года капитан 2 ранга Шумов привел эскадренный броненосец «Цесаревич» в Либаву. (Капитан 2 ранга Дмитрий Петрович Шумов, чья энергия и мастерство постоянно спасали «Цесаревича» с момента его выхода из Тулона в 1903 году, был награжден за спасение броненосца в бою 28 июля высшей офицерской боевой наградой — Георгиевским крестом 4-й степени. Д. П. Шумов был зверски убит 20 июля 1906 года в Кронштадте взбунтовавшимися матросами, когда он один, без оружия, пытался остановить обезумевшую, пьяную толпу. Георгиевскими крестами 4-й степени были также награждены офицеры «Цесаревича»: капитан 2 ранга Ненюков и лейтенант Пилкин. Указом от 7 августа 1906 года по представлению комиссии, разбиравшей бой 28 июля, были награждены еще несколько офицеров «Цесаревича»: капитан 1 ранга Иванов — орд. Св. Владимира 3-й степени с мечами, лейтенанты Данилов — орд. Св. Станислава 2-й степени с мечами, Сполатбог — орд. Св. Анны с мечами и бантом, ст. механик Афанасьев — орд. Св. Владимира 4-й степени с мечами и бантом, штабс-капитан Федоров — орд. Св. Анны 3-й степени с мечами и бантом, поручик Корзун — орд. Св. Станислава 3-й степени с мечами и бантом, врач Шплет — орд. Св. Анны 3-й степени с мечами).
В течение весны 1906 года эскадренный броненосец «Цесаревич» ремонтировался в Кронштадте. В ходе ремонта на корабле, наконец, качественно заделали подводные пробоины от японских торпед и снарядов, сменили винты, поставили новые мачты без массивных боевых марсов, изменили конфигурацию надстроек. В мае 1906 года броненосец «Цесаревич» был зачислен в особый отряд (позднее — Балтийский отряд), сформированный для производства учебных плаваний с корабельными гардемаринами Морского корпуса и Морского инженерного училиш;а Императора Николая I. Кроме «Цесаревича», в отряд вошли броненосец «Слава» и крейсер «Богатырь».
1 июня 1906 года корабли отряда начали кампанию и до конца августа плавали по Балтийскому морю и его заливам. На «Цесаревиче» к этому времени полностью сменился экипаж. Работы по переоборудованию корабля в учебные фактически проведены не были, методик плавания без лоцманов по мелководным заливам Балтийского моря на существовало, равно как не существовало отработанных методик обучения корабельных гардемарин и строевых унтер-офицеров, ради чего, собственно, отряд и был сформирован. Все приходилось делать на ощупь, анализируя опыт минувшей войны и стараясь забыть ее позорные результаты... 20 августа отряд, закончив учения в Балтийском море, вышел в заграничное плавание. Посетив по дороге Киль и Берген, «Цесаревич» вместе со «Славой» и «Богатырем» прибыл 10 сентября 1906 года в Печенгскую бухту на Мурмане.
16 сентября отряд перешел в Екатерининскую гавань, а затем, пройдя Кильденским проливом, зашел в Териберку и 20 сентября вышел в обратный путь на Балтику. Утром 21 сентября «Цесаревич» вместе с остальными корабля-,ми отряда встал на якорь в норвежском порту Варде. В Норвегии отряд пробыл до 10 октября, посетив Гаммерфест, Тромсе и Тронхейм, проводя при этом различные учения, главным образом, шлюпочные. 10 октября отряд, обойдя Британские острова с севера, пришел в Гриннок, перейдя затем в Барроу,-где офицеры и гардемарины русских кораблей осмотрели завод Виккерса и строившийся там по русскому заказу крейсер «Рюрик». 26 октября отряд покинул Барроу, взяв курс в Средиземное море, посетив Бизерту и Тунис, где пробыл до 1 февраля нового 1907 года, после чего направился в Тулон. Пополнив запасы продовольствия, отряд снова прошел Гибралтар, зашел в Виго и направился в Портсмут, где офицеры и гардемарины осмотрели местное адмиралтейство и английские корабли. 15 марта 1907 года «Цесаревич» вместе с отрядом покинул Портсмут и, посетив по дороге Киль, прибыл 29 марта в Либаву. Плавание Балтийского отряда показало, что задача практического обучения корабельных гардемарин в целом выполняется и что целесообразно подобные плавания продолжить.
В конце апреля 1907 года «Цесаревич» вместе с другими кораблями отряда перешел в Кронштадт, произвел там необходимый ремонт и, приняв на борт еще один выпуск корабельных гардемарин, вышел в плавание по Балтийскому морю. Проплавав лето 1907 года на Балтике, отряд в начале осени сосредоточился в Либаве и 30 сентября ушел в заграничное плавание, посетив Христианию, Берген, Гриннок и Брест. В Гринноке офицеры и гардемарины «Цесаревича» ознакомились с заводами Барра и Струда, а в Бресте осмотрели новейшие французские броненосцы.