Была изменена также конфигурация дымовых труб и форма боевой рубки. В июне 1905 года броненосец вышел на ходовые испытания, в ходе которых немедленно обнаружилась течь новых котлов, чья чеканка выдержала лишь кампанию 1905 года. После чего корабль снова был поставлен в ремонт. Выяснилось, также, что скорость хода после ремонта оказалась ниже, чем до и составила 12,7 узла.
1906 год броненосец «Император Александр II» провел на паровом отоплении в Кронштадте, продолжая ремонт и проводя возможную модернизацию различных корабельных систем.
На флоте царило погребальное уныние. Небывалая в истории военно-морская катастрофа русско-японской войны, фактически лишившая Россию всего флота и бесценных кадров опытных специалистов, вызвала временный шок под-аккомпанемент неизбежных в подобной обстановке вопросов: «А нужен ли России флот вообще?»
В 1906 году ставился вопрос о разборке «Императора Александра II» на металл для экономии тех жалких средств, которые выделяла тогда флоту опозоренная им страна.
На Балтике стало пусто, как в чистом поле. Из семнадцати броненосцев, отправленных на
Дальний Восток, вернулся один «Цесаревич». Вместе со «Славой», которую тоже, к счастью, не успели достроить во время войны, из двух броненосцев организовали учебный отряд для подготовки ошеломленного и деморализованного личного состава.
В 1906 году в Кронштадте вспыхнул мятеж матросов, в котором активное участие приняли и моряки с «Императора Александра II». Народ в России никогда не прощал правительству проигранных войн. Более того, экипаж броненосца пытался не допустить высадки в Кронштадте правительственных войск для подавления мятежа.
Между тем, необходимо было возрождать флот уже не для выполнения методик адмирала Мэхэна о мировом господстве, а для защиты Петербурга со стороны моря на случай войны с Германией, морские силы которой уже примерно раз в двадцать превосходили русские и продолжали стремительно увеличиваться. В подобных условиях драгоценным становился каждый корабль, на котором можно было бы подготовить личный состав для будущего флота.
В 1907 году «Император Александр II» был снова включен в состав Учебно-артиллерийского отряда. Впрочем, отряда как такового не было. Кроме самого «Александра», в отряд входил транспорт «Рига» и несколько миноносцев. Все корабли, с которыми «Император Александр II» плавал до капитального ремонта в Учебно-артиллерийском отряде, разметали бурные события последних трех лет.
Из трех броненосцев береговой обороны один погиб, а два — попали в плен. Крейсер «Память Азова» после вспыхнувшего на нем мятежа был переименован в «Двину» и обращен в плавбазу. Крейсер «Минин» перестраивался в минный заградитель. Таким образом, один «Император Александр II» и составил весь Учебно-артиллерийский отряд.
На нем поднял флаг контр-адмирал Н. К. Рей- ценштейн — участник минувшей войны, прорвавшийся на крейсере «Аскольд» в Шанхай.
8 мая «Император Александр II» начал кампанию и 13 мая пришел в Ревель, где начал подготовку к стрельбам. Проведя всю летнюю кампанию в районе Ревельского рейда, «Император Александр II», получив 29 августа сообщение о посадке на камни в шхерах царской яхты «Штандарт», отправился в Ганнэ, где простоял до 3 сентября, оказывая «Штандарту» содействие своими катерами и баркасами.
4 сентября броненосец перешел в Кронштадт, где 7 сентября закончил кампанию.
10 октября 1907 года эскадренный броненосец «Император Александр II» был переклассифицирован в учебный линейный корабль.
Зиму 1907-1908 годов корабль простоялв вооруженном резерве и 8 мая 1908 года начал кампанию.
В 1908 году в состав Учебно-артиллерийско- го отряда вошел первый русский броненосец «Петр Великий», вступивший в строй в качестве учебного судна после долгого периода капитального ремонта и перестройки. Два первых русских броненосца, один из которых был произведен в линкоры, а второй — разжалован в учебные суда, встретились в Учебно-артиллерийском отряде.
8 мая оба корабля вышли из Кронштадта в Ревель. На борту «Петра Великого» находились специалисты Балтийского завода, которые на переходе в Ревель должны были устранить дефекты, обнаруженные в его машине на испытаниях. Увеличив ход, «Петр Великий» около десяти часов утра скрылся из вида «Александра II» в дымке на горизонте. С мостика линкора «Петр Великий» обнаружили снова лишь около полуночи у Ревель- стейна. При подходе «Императора Александра II», «Петр Великий» дал свои позывные и сообщил сигналом, что сидит на мели. Выяснив, что «Петр Великий» сам сойти с мели не может, контр-адми- рал Рейценштейн запросил Рсвельский порт прислать средства для снятия учебного корабля с мели. Вместе с тем, адмирала приказал начать разгрузку аварийного корабля. Всю ночь с «Петра Великого» на подошедшие баржи выгружали боеприпасы и уголь. Наконец около семи часов утра корабль снялся с мели и был отправлен обратно в Кронштадт для докового ремонта. «Император Александр II» снова остался один. Находившиеся на «Петре Великом» ученики-комендоры 152-мм орудий были переведены на «Александра II».