Тяжелобольной Игорь Северянин 25 августа переезжает в Усть-Нарву. Из письма Георгию Шенгели:
«О болезни своей писать не стану, т. к. повторяться скучно, а мне ещё и тяжело лишний раз говорить об этом. Достаточно сказать, что я вот уже вскоре месяц прикован к кровати, встаю только изредка на час-другой».
С началом Великой Отечественной войны положение больного Северянина ухудшается. Вместе с уходившими на восток беженцами он не смог бы проделать нелёгкий путь. Поэт направляет телеграмму председателю Президиума Верховного Совета СССР М. И. Калинину, с просьбой помочь вернуться в Россию, обращается к А. Н. Толстому, В. А. Рождественскому и другим, но безрезультатно.
Всеволод Рождественский вспоминал, что весной 1941 года Издательство писателей в Ленинграде получило от него несколько сонетов о русских композиторах, которые решено было поместить в одном из альманахов: «Мне, как редактору сборника, выпало на долю известить об этом автора, а издательство одновременно перевело ему и гонорар. В ответ было получено взволнованное письмо, где поэт писал, что он “со слезами на глазах” благодарит за помощь в его крайне тяжёлом материальном положении, а главное за то, что его “ещё помнят на родине”. Мне он прислал небольшой свой сборник “Адриатика” (1932) с дарственной надписью, — книгу, которой суждено было стать для него последней.
Альманах со стихами Игоря Северянина находился уже в производстве, когда разразилась война. При первых бомбёжках Ленинграда от взрыва фашистской бомбы загорелось издательство, помещавшееся в одном из боковых фасадов Гостиного двора. Всё в нём было обращено в пепел.
А за несколько дней до этого — что показалось чудом! — я получил письмо от Игоря Северянина. Оно пришло ещё с советской маркой и помечено 20 июля 1941 года. Писалось оно чужой рукой, под диктовку, и только подписано самим поэтом».
Северянин просил Рождественского прислать машину, потому что мог ехать только «полулёжа в машине. Но где здесь её взять? Здесь и моего-то имени, видимо, не слышали!!!.. М. б., попросите у тов. Жданова: он, я слышал, отзывчивый и сердечный человек».
Вера Круглова вспоминала:
«Приближалась к нашему посёлку война. Немцы сбрасывают парашютные десанты в Эстонии. Идёт эвакуация советских войск. Около маяка через Нарову построен понтонный мост. С грохотом движутся тяжёлые орудия мимо окон Игоря Северянина. В небе появляются немецкие самолёты. Игорь Васильевич с женой перебираются на улицу Раху, в дом, принадлежащий сёстрам Аннус. В августе моему мужу позвонил из Нарвы доктор Хион, бывший тогда народным комиссаром здравоохранения ЭССР. Он интересовался здоровьем Северянина, можно ли его эвакуировать. Как-то утром пришёл взволнованный Игорь Васильевич вместе с Верой Борисовной и сообщил, что сегодня рано приезжала машина, но кто-то другой воспользовался ею. Как теперь стало известно, Северянин писал друзьям в Ленинград, просил помочь эвакуироваться, так как самостоятельно сделать это ему было не под силу. Была ли послана машина или только обещали и забыли, неизвестно. Закончена эвакуация войск. Взорваны понтонный мост и маяк.
Оставаться дома опасно. Мы уходим в бетонный погреб, в доме по улице Вильде. Северянин укрывается в гараже дома С. М. Шкарван по улице Айя.
Вот вспомнила, записала и так явственно переселилась в прошлое, как будто это было вчера, и всё ещё живы, и со всеми ними встречусь завтра».
В начале октября Северянин переехал вместе с Верой Борисовной в Таллин, в семью Запольских.
20 декабря 1941 года около 11 утра Игорь Васильевич Лотарев (Северянин) умер от сердечной недостаточности.
О смерти Северянина первым сообщило эстонское радио. По сведениям Галины Пономарёвой, некрологи появились в двух эстонских газетах и одной русской. Уже на следующий день после смерти поэта, 21 декабря 1941 года, некролог напечатала таллинская газета «Eesti Sona». Некролог анонимный, но принадлежал, как считает Пономарёва, Генрику Виснапу, сотрудничавшему тогда в этой газете и хорошо знавшему биографию Северянина. Основной упор сделан на связи поэта с Эстонией. Пономарёва пишет: «В нём [некрологе] говорится, что после большевистской революции поэт эмигрировал в Эстонию, которая стала его второй родиной. Он породнился с ней, женившись на эстонке из рыбацкого посёлка Тойла. В его творчестве отразилась красота эстонской природы. При этом Северянин живо интересовался эстонской поэзией, переводил эстонских поэтов на русский язык и в 1928 году издал книгу переводов “Поэты Эстонии”. В конце заметки сообщалось, что писатель жил в последние годы в Таллине, страдая от сердечной болезни».
Два других некролога в тартуской газете «Postimees» и «Новом времени» (Печоры) были кратким пересказом первой заметки.
Игорь Васильевич Лотарев (Северянин) похоронен на православном Александро-Невском кладбище Таллина. Позже на надгробном камне были написаны слова автоэпитафии: