Она прибыла как раз вовремя, чтобы стать крестной матерью (рядом с собственной крестной матерью Маргаритой Йоркской) сыну своего брата Филиппа Бургундского от Хуаны Арагонской, возможному наследнику и испанских, через мать, и отцовских нидерландских территорий. Для династии Габсбургов рождение младенца Карла было успехом, но на человеческом уровне брак Филиппа и Хуаны можно назвать несчастьем. Виной тому, возможно, был не столько муж, который с самого начала относился к жене с презрением, граничащим с жестокостью, сколько Хуана, отвечавшая Филиппу на грубое отношение настолько подобострастной преданностью (а если верить рассказам врагов, то и истеричной ревностью), что это стало почвой для утверждений о ее безумии.
Трудно сказать, на чьей стороне была Маргарита. В любом случае вскоре ей предоставили собственную резиденцию в замке Ле-Кесной, отдельно от королевского двора. В политическом отношении в марте 1501 года испанский посол Фуэнсалида имел основания недовольно сообщить, что мадам Маргарита «во всем просто следует прихотям своего брата». Когда впоследствии испанцы попросили ее помирить конфликтующую пару, она написала Фердинанду, что ничего не может сделать. Как предсказуемо докладывал испанский посол, «она вернулась к себе, не имея сил выносить то, что происходит…».
Маргарита Австрийская не собиралась навсегда оставаться в Нидерландах. Когда она еще была в Испании, ее отец и брат начали обсуждать ее новое замужество. Упоминались герцог Миланский, короли Шотландии, Венгрии и даже Франции, поскольку Карл VIII умер и на французский престол взошел новый король. В итоге выбор следующего мужа Маргариты пал на молодого герцога Савойского Филиберта, брата подруги детства Маргариты Луизы Савойской.
Герцогство Савойя служило воротами в Италию, пространством борьбы между крупными европейскими державами, поэтому этот брак предоставлял родственникам Маргариты Австрийской доступ к стратегически важной территории. Кроме того, хотя Филиберт формально являлся вассалом Максимилиана, его французское воспитание, данное Анной де Божё, означало, что он находится под сильным влиянием этой страны. По всей видимости, отец и брат Маргариты стремились изменить сложившуюся ситуацию.
Маргарита не выказывала желания снова выходить замуж. Однако хотя третье замужество окажется наименее значимым на большой европейской сцене, для нее оно станет самым счастливым. Веселый безрассудный Филиберт, всего на несколько месяцев моложе ее, носил, как брат Маргариты, прозвище Красивый. Брачный контракт подписали в Брюсселе 26 сентября 1501 года, и в октябре Маргарита Австрийская отправилась в путь (ее провожала Маргарита Йоркская, и больше они не увидят друг друга). В начале декабря неподалеку от Женевы ее с энтузиазмом встретил Филиберт. Впервые Маргарита имела супруга, разделявшего ее живость. Вместе объезжая герцогство, весной 1503 года они выбрали для жизни замок Пон-л’Эн под Боргом.
Однако у жизнерадостного нрава Филиберта была и другая сторона. Он проводил время в охоте, рыцарских поединках и танцах, но совсем не занимался делами герцогства. Всем руководил его незаконнорожденный единокровный брат Рене, пока не приехала Маргарита, которая не имела желания оставлять власть «Савойскому бастарду». Справедливо то было или нет, но она использовала против него все имевшиеся в ее распоряжении средства, даже привлекла своего отца, чтобы лишить Рене документов, дававших ему, незаконнорожденному, права на собственность.
Мотивы Маргариты могли быть как политическими (она должна была следовать интересам семьи), так и личными. Возможно, прошлый опыт разочаровал ее во власти (как правило, мужской). А может, судьба золовки Хуаны показала ей, что происходит, когда супруга короля отказывается от ответственности за государство. В любом случае бастарда объявили изменником. Он бежал во Францию, где его приняла единокровная сестра Луиза Савойская.
Пока Филиберт охотился, Маргарита Австрийская взяла бразды правления в свои руки, в сущности, сказав ему не забивать свою красивую голову. Она собрала совет, назначила чиновников, когда приехал ее брат, обсудила с ним внешнюю политику и одобрила его планы по восстановлению отношений с Францией. Маргарита никогда не отказывалась от приемов и охоты; есть описание того, как она выступала в спектакле в роли королевы амазонок, в малиновом головном уборе, кирасе с драгоценными камнями и обнаженным мечом в руке (всплывает образ Изабеллы Кастильской). Однако опыт в Савойе был последним этапом ее политического ученичества, репетицией действий на более широкой европейской сцене, к которой судьба скоро ее вернет.