Продолжая наступать, войска 51-й и 44-й армий к 6 января 1942 года вышли на рубеж реки Чурук-Су, где были остановлены противником. 14 января 1942 года начали наступление уже немецкие войска. 18 января войсками вермахта вновь была захвачена Феодосия, а части Красной армии отошли на Акмонайские позиции.
Несмотря на разгром вермахта под Москвой и на других участках советско-германского фронта, боеспособность вооружённых сил Германии оставалась достаточно высокой. Особенно это ощущалось на юге, где большинство советских соединений были недавно сформированы, нуждались в оснащении и не получили боевого опыта. При этом условия наращивания сил в Крыму ухудшались — немецкая авиация становилась многочисленнее и активнее. В тот период Генеральный штаб полагал, что в Крыму советских войск и боевых средств достаточно, чтобы разгромить противника на этом ТВД. Ставка продолжала требовать от командующего фронтом новых и новых наступательных действий. Для помощи в организации наступления 20 января она направила в Крым своего представителя — армейского комиссара 1-го ранга Л. З. Мехлиса и генерал-майора П. П. Вечного.
Если подходить к анализу неудач Красной армии объективно, то недостаточная подготовленность частей в ходе проведения десантной операции не зависела от отдельных личностей. Она заключалась в объективных упущениях подготовки и организации управления войск, наиболее ярко проявившихся в боях на Керченском полуострове. Так, перед войной в теории и практике обучения армии и флота десанты не превышали одной дивизии. Таким образом, ни теоретически, ни практически войска не были подготовлены к высадке такого крупного десанта. Не обладая специальными десантными судами и высадочными средствами, флот не был готов к подобному десанту и в техническом отношении.
Командование фронта не имело полноценного штаба в ходе планирования и управления десантной операцией, так как основной состав штаба оставался в Тбилиси, а в Краснодаре находилась лишь его оперативная группа.
Штабы флота и фронта недооценили проблему сбора транспортных (плавучих) средств и их подготовки к операции. Не было даже ориентировочного плана перевозки войск, техники и снабжения в Севастополь, Керчь, Феодосию и между портами Кавказа. В связи с общим недостатком морского транспорта было принято решение перевозить дивизии на плацдарм в уменьшенном составе, оставляя на Кавказском побережье тяжелые орудия, танки и, как тогда говорили, обозы. Это обстоятельство главным образом и определило малый оперативный успех войск 51-й и 44-й армий после их высадки в Крыму.
Лев Захарович Мехлис прибыл на Кавказский фронт 20 января 1942 года. Накануне (18 января) немецкие войска, перейдя в наступление, захватили Феодосию. Под угрозой потери оказался важный оперативный плацдарм, захваченный советскими войсками на Керченском полуострове в ходе Керченско-Феодосийской десантной операции. А ведь отсюда по плану Ставки ВГК должно было начаться освобождение всего Крымского полуострова.
Вместе с армейским комиссаром 1-го ранга прибыли заместитель начальника Оперативного управления Генерального штаба — начальник Южного направления генерал-майор П. П. Вечный и военный комиссар артиллерийского комитета Главного артиллерийского управления дивизионный комиссар П. А. Дегтярев.
Двух дней хватило армейскому комиссару, чтобы составить представление о положении дел на фронте. 22 января он докладывал И. В. Сталину: «Прилетели в Керчь 20.01.42 г…Застали самую неприглядную картину организации управления войсками…
Комфронта Д. Т. Козлов не знает положения частей на фронте, их состояния, а также группировки противника. Ни по одной дивизии нет данных о численном составе людей, наличии артиллерии и минометов. Д. Т. Козлов оставляет впечатление растерявшегося и неуверенного в своих действиях командира. Никто из руководящих работников фронта с момента занятия Керченского полуострова в войсках не был…»
Основные положения этой телеграммы были подробно раскрыты в приказе войскам фронта № 12 от 23 января 1942 года, анализировавшем итоги неудачных для Кавказского фронта боев 15–18 января, копия которого также была отправлена И. В. Сталину. Приказ, подписанный командующим войсками фронта Д. Т. Козловым, членом военного совета Ф. А. Шаманиным, а также представителями Ставки Л. З. Мехлисом и П. П. Вечным, констатировал, что были допущены «крупнейшие недочеты в организации боя и в управлении войсками».