К середине 1890-х годов Кондаков практически полностью сосредоточился на изучении ранневизантийского влияния на памятники и искусство Киева, Владимира, Новгорода и Пскова [Кондаков 1888а; Кондаков 1888б]. Особенно ярко эти новые интересы отразились в книге «Русские клады: Исследование древностей великокняжеского периода» (1896), а также в авторитетной шеститомной энциклопедии «Русские древности в памятниках искусства» (1889–1899), в которой соавтором Кондакова выступил граф И. И. Толстой, вице-президент Императорской академии художеств [Кондаков 1896; Кондаков, Толстой 1889–1899]. Эта энциклопедия давала чрезвычайно широкий обзор произведений искусства, созданных на территории Киевской Руси, начиная со скифского периода и заканчивая XIV веком, – это было первое всеобъемлющее историческое описание древнерусского искусства. В энциклопедию вошло более тысячи иллюстраций, а в 1891 году она была переведена на французский язык и таким образом стала доступна для более широкой аудитории в других странах [Kondakov, Tolstoy 1891].
В этом издании Кондаков приложил значительные усилия к тому, чтобы провести различие между «византийским», «русско-византийским» и чисто «русским» изобразительным искусством. Так, например, он указал на существование отчетливых художественных изменений, знаменующих собой переход от «греческих» мозаик и фресок Софии Киевской к тем, что были обнаружены в Михайловском Златоверхом монастыре: с его точки зрения, удлиненные пропорции и нарочитые позы фигур на изображениях из монастыря обнаруживают очевидный отход от более статичной и стилизованной монументальности софийских изображений. Кондаков сделал вывод о том, что эти изменения были связаны с участием русских ремесленников, которых, должно быть, привлекли к созданию внутреннего декора монастыря в помощь византийским мастерам. Кроме того, Кондаков считал, что произведения монументального искусства во Владимире, Новгороде и Пскове значительно отошли от узнаваемой византийской, или «греческой», изобразительной манеры киевских памятников и содержат чисто русские изобразительные элементы. Этот новаторский методологический подход к анализу и классификации русского средневекового искусства и архитектуры ознаменовал собой важное изменение по сравнению с пониманием (или, скорее, непониманием) этих памятников в начале и середине XIX века. Как указывает Ю. Р. Савельев, термины «византийский», «русско-византийский», «византо-русский» и «допетровский» применялись беспорядочно в отношении множества раннехристианских и средневековых памятников на всей территории Российской империи, при этом их индивидуальным и изобразительным особенностям не уделялось должного внимания [Савельев 2006: 36–37]. Соответственно, во многих русских изданиях XIX века термин «византийский» использовался расширительно: для описания всей средневековой архитектуры, которую нельзя было однозначно определить как «готическую» или «романскую».
Таким образом, научные изыскания Кондакова существенно способствовали возникновению нового понимания древнерусского художественного наследия и изменению оценок в академических кругах и среди широкой публики. Вслед за ним следующее поколение ученых, таких как Д. В. Айналов (1862–1939), Е. К. Редин (1863–1908), Д. К. Тренев (1867–?) и А. И. Успенский (1873–1938), стало активно интересоваться этой темой, и на рубеже XX века вышло в свет много научных трудов по искусству Древней Руси, в том числе «Киевско-Софийский собор: Исследование древней мозаической и фресковой живописи собора», «Древние памятники искусства Киева», «Иконостас Смоленского собора Московского Новодевичьего монастыря» и «История стенописи Успенского собора в Москве», а также другие [Айналов, Редин 1889; Айналов, Редин 1899; Тренев 1902; Успенский 1902]. Все эти новые публикации непосредственно способствовали созданию первых значимых государственных и частных коллекций византийского и древнерусского искусства, которые были представлены публике в рамках целого ряда выставок, отметивших собой начало новой эпохи (подробнее об этом см. в главе второй). Так, например, в 1885 году Эрмитаж приобрел обширную коллекцию А. П. Базилевского (1829–1899), в которую вошли предметы раннехристианского и византийского искусства, а в 1880-х и 1890-х годах Н. П. Лихачев (1862–1936) приступил к собиранию того, что стало впоследствии одной из крупнейших и самых значительных частных коллекций византийских и русских икон во всей Европе.