Эта коллекция была целиком приобретена российским правительством и перевезена в Санкт-Петербург, а 14 января 1885 года официально открыта для публики [Залесская 1991а: 12]. Сначала она временно экспонировалась на втором этаже Старого Эрмитажа, но в 1888 году ее переместили на первый этаж и заново смонтировали в 20 недавно отреставрированных выставочных залах. Руководил перемещением Кондаков, назначенный ранее, в том же году, главным хранителем Отделения Средних веков и эпохи Возрождения. Кондаков полностью изменил логику экспозиции – и визуальную, и хронологическую, – отдав предпочтение логике географической и исторической взамен чисто «декоративной». В письме князю Сергею Трубецкому Кондаков объяснял, что изначальная структура выставки его не удовлетворила, потому что в ней присутствовали
и пробелы и скачки и смешение вещей ради декоративных целей. Рядом с древнехристианскими памятниками первых веков нашей эры помещен был без всякого перехода отдел древностей IX–XIII вв. под названием «Византия на Руси», затем непосредственно шли предметы русской и польской старины прошлого и нынешнего века. Но что еще важнее: в помещении оказывались соединения самых разновременных, вполне разнохарактерных и не совместимых друг с другом предметов. <…> …достоинство Императорского Эрмитажа требовало упорядочения предметов, исторической и стилистической группировки, а потому удаления одних предметов и замены их аналогичными [Савина 1991: 35–36].
Кондаков организовал экспозицию таким образом, чтобы показать всю сложность и весь характер эволюции христианского искусства от Античности до Раннего Возрождения в целом ряде различных регионов, в том числе России, Европы и Ближнего Востока. Экспозицию открывал зал «христианских древностей восьми первых веков новой эры», в котором были представлены преимущественно произведения византийского искусства, в том числе серебряная церковная утварь, фрагменты мозаик и иконы. Коллекция предметов резной слоновой кости из собрания Базилевского была выставлена в особом зале, за которым следовала экспозиция ранних лиможских эмалей. За ними в свою очередь шли залы с «византийскими памятниками латинского Запада», «искусством византийской и послевизантийской Италии» и «русскиe древности до монгольского нашествия» [Савина 1991: 36]. Такое расположение предметов экспозиции отражало собственные представления Кондакова о том, что византийское искусство сыграло ведущую роль в последующем развитии как русской, так и западноевропейской изобразительных традиций. Эту идею Кондаков ясно выразил в своем важнейшем исследовании 1886 года «Византийские церкви и памятники Константинополя»:
Мы уверены, что изучение древней византийской столицы со временем станет наравне с наукою языческого и древнехристианского Рима и по плодотворности своих результатов займет одно из важнейших мест в науке средневековой древности вообще и христианского Востока в частности [Кондаков 2006: 16].
Эту идею он развил и в своем каталоге 1891 года, составленном для собрания Отделения Средних веков и эпохи Возрождения. Он объясняет, что в общем плане Эрмитажа залы, представляющие искусство Средних веков и эпохи Возрождения, были специально устроены таким образом, чтобы они следовали за залами искусства Востока и предшествовали залам западноевропейской живописи. Такая логика организации экспозиции должна была в целом отражать распространение определенных представлений о влиянии Востока на Запад, а следовательно, и показывать большое значение средневековой Византии и Ближнего Востока как проводников эллинистической мысли и культуры в Западную Европу: