Аэроплан был разобран и команда отряда, установив палатку, в спешном порядке приступила к ремонту. К началу ноября, благодаря упорству и настойчивости командира Панкратьева (к тому времени уже штабс-капитана), «Илья Муромец II» был отремонтирован. Но починить согнутый вал 200-сильного мотора «Сальмсон» в полевых условиях не представлялось возможным. Двигатель в сопровождении моториста Ушакова направили для ремонта на завод в Петроград. Отряд «Муромца II» бездействовал в ожидании злополучного «Сальмсона».
Но злоключения продолжались. После ремонта Ушаков был готов забрать двигатель немедленно, но заводское начальство настояло на пробном запуске. Двигатель поставили на станок для 80-сильного «Гнома». При опробовании мотора на полном газу, станок, естественно, опрокинулся, превратив отремонтированный двигатель в груду обломков.
Во время ремонта в конструкцию II аэроплана были внесены некоторые изменения, положительно сказавшиеся на характеристиках аппарата. Радиаторы были подняты выше, что улучшило условия охлаждения моторов. Была доработана и улучшена система питания моторов бензином из запасных баков. Два наружных топливных бака были заменены одним, перенесённым внутрь фюзеляжа. При сохранении общей схемы бензинопроводов была обеспечена возможность каждому мотору работать от трёх баков: своего, запасного и бака соседнего мотора. Общий вес аэроплана был уменьшен удалением излишних перегородок, кровати, лестницы, перил верхней площадки и спиливанием концов болтов.
Демонтаж баков внешних двигателей позволил уменьшить также и общее сопротивление самолёта. Тщательная переборка трёх оставшихся моторов и отладка карбюраторов дали хорошие результаты: теперь они запускались быстрее, давали на земле до 1650 оборотов и не захлебывались при переходе от малого газа на большой. В картере оставшегося 200-сильного мотора была обнаружена пригоршня гаек, болтов и шплинтов, которые были вынуты с помощью магнита. Естественно, что в адрес союзников при этом было сказано немало крепких слов. Панкратьев сильно переживал, что из-за отсутствия несчастного мотора, отряд нс может приступить к боевой работе.
Тем временем, в Петербурге, продолжалась подготовка отрядов аэропланов «Илья Муромец». Поскольку сам Сикорский в силу большой занятости не мог заниматься только подготовкой и переучиванием пилотов, было решено, что он сделает несколько вывозных полётов на 128-м с капитаном Горшковым, как наиболее способным лётчиком. После этого все учебные полёты выполнялись Горшковым. Сикорского привлекали только для сдаточных полётов. 30 сентября Сикорским был поднят в небо «Муромец IV» (№ 138), на «Муромце III» (№ 137) были более тщательно отрегулированы моторы.
Капитан Горшков при полёте 30 октября на Корпусном аэродроме разбил вдребезги машину № 138. Шесть человек получили ушибы и лёгкие ранения.