Гебер был химик, и его знания в этой области значительно превосходили знания древних. В его сочинениях упоминается о многих неизвестных до него препаратах и соединениях. Но все эти ценные знания были приобретены как случайный побочный продукт при попытках превратить неблагородные металлы в серебро или золото, так как Гебер верил в возможность превращения металлов точно так же, как его предшественники и преемники; и после него, в течение еще многих веков, стремления всех химиков направлялись лишь на то, чтобы осуществить это превращение. Наибольшее значение Гебер получил именно своим алхимическим учением; так, он первый создал химическую теорию о соединениях металлов, на основании которой объяснялась возможность их превращений. Этой теории, хотя с различными изменениями, химики придерживались вплоть до прошлого века.