Избиратели обязаны были снабдить своих депутатов наказами, изложив в них свои «общественные нужды и отягощения». Избиратели охотно отзывались на это требование. Депутат отвечал перед обществом своих избирателей за своевременное представление их ходатайств, куда следовало. Но ему предоставлялось право ходатайствовать и сверх наказа, о чем он заблагорассудит, не мог только противоречить своему наказу.
Депутаты созывались не только для того, чтобы от них выслушать нужды и недостатки каждого места, но и допущены они быть имеют в Комиссию для заготовления проекта нового уложения. Согласно с такой задачей Комиссия получила очень сложное устройство. Из Большой комиссии, как называлось ее полное собрание, выделялись по ее выбору три малые, из пяти депутатов каждая. Дирекционная комиссия, распорядительная, предлагала полному собранию образовать по мере надобности частные кодификационные комиссии для выработки отдельных частей Уложения и потом наблюдала за их работами, сличала составленные ими проекты с «Большим Наказом», как назывался «Наказ» императрицы в отличие от депутатских, исправляла их и вносила в полное собрание, всегда объясняя свои поправки. Экспедиционная комиссия, редакционная, излагала или направляла проекты частных комиссий и постановления самой Большой комиссии «по правилам языка и слога», устраняя из них слова и речи двусмысленные, темные и невразумительные. Третья комиссия, подготовительная, разбирала депутатские наказы, делала из них выписки «по материям» и вносила в полное собрание. Эти три малые комиссии составляли как бы бюро Большой.
Кодификационные работы Большой комиссии начались только с восьмого заседания чтением и обсуждением наказов от черносошных крестьян и пахотных солдат. Затем Комиссия перешла к чтению и обсуждению законов о правах дворянства, вызвавших горячие прения. Посвятив этому предмету 11 заседаний, Большая комиссия обратилась к чтению и обсуждению законов о купечестве, занявших 46 заседаний. Вперемежку с суждениями о купечестве и других случайно возбуждавшихся вопросах читали и обсуждали на 10 заседаниях лифляндские и эстляндские привилегии.
В декабре 1767 г. заседания Комиссии в Москве прекратились и она была переведена в Петербург, где 18 февраля 1768 г. в Зимнем дворце возобновила свои работы чтением и обсуждением законов о юстиции. Этому предмету в продолжение пяти месяцев было уделено до 70 заседаний. После того депутаты занялись чтением и обсуждением законов о поместьях и вотчинах. В декабре 1768 г. был издан указ о прекращении занятий Большой комиссии. Вторичного созыва полного собрания не последовало. За полтора года Большая комиссия имела 203 заседания.
Еще при составлении манифеста о созыве депутатов Екатерина колебалась, какой избрать путь, продолжать ли начатое до нее упорядочение русских законов, соглашая их с «Наказом», или объявить все заботы об этом бесплодными и начать дело «с Другого конца», а с какого — этого она не дописала в уцелевшем наброске. Она выбрала в манифесте 14 декабря 1766 г. первый путь, но если под вторым она разумела совершенно новый кодекс, то ход дел в Комиссии указал ей третий путь, по которому она и пошла.
В депутатских наказах, городских и дворянских, рядом с местными нуждами и сословными претензиями стоят заявления об отсутствии лекарей, аптек, больниц, богаделен, сиротских домов, хлебных казенных магазинов, банков, почтовых станций, школ — простейших средств благоустроенного гражданского общежития. Это обывательский запрос правительству о неисполнении им своих обязанностей. Наказы хотели, чтобы статьи о правах сословий были разработаны в выборные сословные учреждения. Это столь настойчиво заявленное стремление помогло Екатерине выйти из колебаний насчет характера задуманного ею нового уложения. Увидев, что из работ Комиссии не выйдет ни свода старых законов, ни нового кодекса в духе «Наказа», она повернула мысль к областной реформе.
Преобразование областного управления