Через четыре года Фридрих уже крепко держал в руках Сицилию, и теперь можно было приступать к восстановительным работам. Ценными помощниками Фридриха наряду с канцлером Вальтером фон Палеария и архиепископом Берардом фон Палермо (который будучи еще архиепископом фон Бари открыл своим красноречием ворота Констанца в 1212 году) выступили племянник канцлера, архиепископ Рейнальд фон Капуа, дипломат Томас фон Гаета, а также некий Ричард, бывший рыцарь ордена тамплиеров, которого Иннокентий III послал в 1202 году в южную Италию. После достижения Фридрихом совершеннолетия он уже открыто взял его на службу. В 1212 году тот был камердинером высших придворных вельмож и руководителем управления финансами, а около 1220 года состоял при императорской канцелярии. Все эти люди – как, впрочем и все окружение Фридриха – были доверенными лицами Иннокентия III и Гонория III, так что все назревавшие конфликты могли быть тут же улажены. Меры, свидетельствующие о религиозной толерантности, такие, как поселение сарацинских мятежников и «богоотступников» в Люцеру, вызвали негодование истовых христиан, но курия уже давно свыклась с многообразием конфессий в сицилийском королевстве. Остров, на котором снова воцарился мир, смог вновь стать сокровищницей и житницей норманнской династии. Многие столетия эта земля возделывалась арабами и греками, и нельзя было даже предположить, что она получит печальную известность области, где царствует нужда. Так же, как и вся южная Италия и бoльшая часть Греции и Испании, она была еще защищена от высыхания лесами. Здесь росли разные сорта зерна, сахарный тростник, лен, конопля и финики. Сырьем для ремесел служили шерсть и шелк. В портах организовали перевалочные пункты конкурирующие морские города Генуя и Пиза для своей торговли на Ближнем Востоке, а также получили многочисленные привилегии для своей деятельности. Начиная с 1212 года Пиза должна была стоять на втором месте после Генуи, подчинившей себе Сиракузы и остров Мальту. Связанное с таким преимуществом ограничение своей власти Фридрих не хотел выносить ни при каких условиях. Уже по пути в Рим на коронацию он отклонил все просьбы североитальянских городов о выдачи им торговых привилегий для Сицилии и даже для Генуи не сделал исключения. Генуэзцы, которым он пообещал богатое вознаграждение за их поддержку во время опасного похода в Германию, были крайне разочарованы.
Только теперь стали ясны все торгово-политические планы императора. Следуя нормандской традиции, он приказал построить флот и прогнал генуэзцев из Сиракуз, отменил все привилегии для сицилийских портов (таможенные льготы и освобождение от портовых сборов), а также приступил к национализации всей сицилийской морской торговли. Это затронуло, конечно, южноитальянские порты, прежде всего Бари, Барлетта и Бриндизи, где процветала торговля с Ближним Востоком, а также формировались флоты пилигримов и крестоносцев. Меж тем, Фридрих не долго оставался на этом богатом почти тропическом острове с его великолепным культурным и административным центром в Палермо. Ядром своей империи он избрал Апулию, с которой он познакомился только теперь. Этому, в первую очередь, способствовало то, что главные враги его политических замыслов, Папа и ломбардские города, находились неподалеку. К причинам можно также безоговорочно отнести его любовь к этой прекрасной покрытой лесами земле между восточным побережьем полуострова и Апеннинами. Об этом стоит рассказать подробно. Для начала ему стоило окончательно подчинить себе материковую часть сицилийского королевства и искоренить анархию в феодальной среде.
В основу своей политики Фридрих положил принцип сильного централизма, о котором еще не могла идти речь в феодальных государствах севернее Альп. Примером этому может послужить основание им в 1224 году высшей школы в Неаполе, первого «государственного университета» на Западе. Там должны были обучаться столь необходимые для централистского государственного аппарата молодые кадры, прежде всего юристы и управленцы, но также и философы, теологи и люди, занимающиеся только зарождающимися естественными науками. Преподавание медицины тогда, как и сейчас, оставалось связанным со знаменитой школой в Салерно.