Эрцгерцог, в отличие от многих представителей австро-венгерской верхушки, не принадлежал к числу безоговорочных сторонников Германии. Военный атташе австрийского посольства в Берлине Йозеф Штюргк отмечал, что, по его мнению, дружба эрцгерцога и германского императора строилась не "на взаимной симпатии. Франц Фердинанд был по характеру и воспитанию слишком австрийцем, слишком привержен традициям своего дома для того, чтобы преподнести сердце на ладони отпрыску Гогенцоллернов"24. Ревностный католик Франц Фердинанд был сторонником концепции, в основе которой лежало стремление создать "Великую Австрию", которая "сможет противостоять схизматической России и протестантской Германии"25. Академик Ю. А. Писарев справедливо замечает: "Версия "о дружбе" эрцгерцога и германского императора не выдерживает критики. Известно, что между ними наблюдалась взаимная неприязнь"26. Накануне очередной встречи с кайзером в Конопиште летом 1914 г. Франц Фердинанд публично заявил, что Вильгельм II проводит великодержавную политику, игнорируя интересы Австро-Венгрии. "Немцы заботятся только о себе", — сказал в раздражении эрцгерцог, и эта колкая фраза облетела всю Европу. Кайзер не простил австрийскому престолонаследнику дерзости даже после его кончины27. Примечательно, что вслед за кайзером Франц Фердинанд вызывал нескрываемую ненависть у Адольфа Гитлера, который называл его в "Майн Кампф" "внутренним врагом" и "самым видным другом славянства"28. По всей видимости взаимная неприязнь проявилось в полной мере во время переговоров кайзера Вильгельма II с эрцгерцогом Францем Фердинандом в его чешской охотничьей резиденции Конопиште, имевшей место 4 (17) октября 1913 г. О содержании переговоров до сих пор точно не известно, но, по мнению ряда влиятельных современников и поздних исследователей, речь на них шла о нападении на Сербию и возможной войне с Россией. Вильгельм II заявил эрцгерцогу, что "опасность исходит от возможного союза всех славянских элементов на Балканах", а это заставляет Германию и Австрию "поддерживать тесные связи с неславянскими балканскими государствами"29. Сербия, по мнению кайзера, должна подчиниться общегерманской силе. Вильгельм II пытался убедить эрцгерцога в том, что Петербург готовит нападение на Германию и Австрию. Однако на это Франц Фердинанд возразил: "Внутренние затруднения в России слишком велики, чтобы она смогла вести наступательную внешнюю политику"30. Австро-венгерский престолонаследник не поддержал агрессивные планы Вильгельма II, что вполне вероятно предопределило Сараевское убийство31.
Не добившись понимания у эрцгерцога Франца Фердинанда, Вильгельм II отправился в Вену, где 13 (26) октября 1913 г. встретился с австро-венгерским министром внутренних дел графом Берхтольдом. В беседе с ним кайзер заявил: "Война между восточным и западным мирами — неизбежна. Борьба со славянским преобладанием является историческим процессом, таким же важным, как завоевание варваров. Поэтому Сербия либо войдёт в Дуалистическую Монархию, либо будет ею аннексирована. Если Его Императорское Величество Император Франц Иосиф чего-нибудь хочет, то сербское правительство обязано подчиниться, и если оно этого не сделает, то мы будем бомбардировать Белград и займём его, до тех пор, пока императорская воля не будет исполнена"32. После этих слов Вильгельм II, положив руку на эфес сабли, добавил: "Всё, что подписано венским министром иностранных дел для меня является приказом. Я безоговорочно поддержу австрийскую внешнюю политику"33.