Канцлер М. И. Воронцов получает двухгодичный отпуск для поправки здоровья и уезжает за границу. Руководителем Иностранной коллегии становится Панин. В указе о его назначении говорилось: «По теперешним небеструдным обстоятельствам рассудила ее императорское величество за благо во время отсутствия канцлера препоручить действительному статскому советнику Панину исправление и производство всех по Иностранной коллегии дел и присутствовать в оной коллегии старшим членом, поскольку дозволяют ему другие дела…» Почти двадцать лет стоял он у руля внешней политики России — «самой блестящей страницы царствования Екатерины II».
«После работящего и практичного до цинизма Бестужева, — писал Ключевский, — дипломата мелочных средств и ближайших целей, Панин выступил в дипломатии провозвестником идей, принципов и как досужий мыслитель любил, при нерешительном образе действий, широко задуманные, смелые и сложные планы, но не любил изучать подробности их исполнения и условий их исполнимости». Но это было то самое время, когда, по словам Безбородко, «ни одна пушка в Европе без позволения нашего выпалить не могла», «когда соседи нас не обижали и наши солдаты побеждали всех и прославились», «когда в памяти народной навсегда остались слова Ларга, Кагул, Чесма и Измаил».
Ближайший помощник и друг Н. И. Панина Денис Иванович Фонвизин писал: «…министерство его непрерывно двадцать лет продолжалось. В течение оных и внутриважнейшие дела ему же поручаемы были. Словом: не было ни единого дела, относящегося до целости и безопасности империи, которое миновало бы его производства или совета… Нрав графа Панина достоин быть искреннего почтения и непритворной любви. Твердость его доказывает величие души его. В делах, касательных до блага государства, ни обещания, ни угрозы поколебать его были не в силах. Ничто в свете не могло его принудить предложить свое мнение противу внутреннего своего чувства. Колико благ сия твердость даровала отечеству. От кольких зол она его предохранила. Други обожали его, самые враги его ощущали во глубине сердец своих к нему почтение…»
Прожив много лет в Швеции, Панин был поклонником ее государственной системы — конституционной монархии, с существенными ограничениями королевской власти. Став первым советником императрицы, Панин считает, что пришло время действовать, и предлагает Екатерине II учредить при ней Императорский Совет.
Доказывая его необходимость, Панин яркими красками изображает отсутствие в России основных законов, где каждый «по произволу и кредиту интриг хватал и присваивал себе государственные дела». «…Лихоимство, расхищение, роскошь, мотовство и распутство в имениях и в сердцах, — пишет он. — В управлении действует более сила персон, чем власть мест государственных». Панин клеймит «временщиков, куртизанов, ласкателей, превративших государство в гнездо своих прихотей» и проводит основную мысль: «…власть государя будет только тогда действовать с пользой, когда будет разделена разумно между некоторым малым числом избранных к тому единственных персон». Для этого Панин предлагает учредить Совет из шести постоянных членов, назначенных императрицей. Члены Совета одновременно являются руководителями (статс-секретарями) важнейших коллегий: внутренних и иностранных дел, военной и морской. Они рассматривают дела и принимают решения или выносят их на рассмотрение Совета во главе с императрицей.
Сенат должен был контролировать Совет — «бить тревогу», в случае если он или сам монарх нарушили бы государственные законы или «народа нашего благосостояние». Екатерина II благосклонно отнеслась к проекту Панина, внеся в него незначительные поправки — вместо шести членов Совета она предложила восемь: Бестужева, Разумовского, Воронцова, Шаховского, Панина, Захара Чернышева, Волконского, Григория Орлова.
К концу августа казалось, что Совет вот-вот будет учрежден. В черновике манифеста о возвращении А. П. Бестужева из ссылки, составленном Паниным, рукой императрицы было приписано: «…и сверх того жалуем его первым императорским советником и первым членом нового, учрежденного при дворе нашем Императорском Совете». Однако в печатном тексте манифеста от 31 августа этих строк уже не было.