В Холмогорах Иоанн Антонович пробыл после смерти Анны Леопольдовны еще шесть лет, т. е. всего двенадцать, причем все это время правительство продолжало тщательно скрывать, где именно находится бывший император. Когда же, несмотря на все предосторожности, в столицу все-таки проникли слухи о его пребывании в Холмогорах, императрица Елизавета велела перевезти его «под крепким караулом» в крепость Шлиссельбург, с тем чтобы сам он не знал, куда его везут и где будет находиться. Но к переправке Иоанна в Шлиссельбург был и другой повод: до Петербурга дошли слухи, что находившийся в Пруссии Манштейн (тот самый, который в свое время арестовал Бирона и способствовал Анне Леопольдовне стать правительницей, а затем перешел на прусскую службу) вместе с неким тобольским посадским Зубаревым задумали выкрасть Иоанна, произвести бунт и возвести холмогорского узника на престол. С этой целью предполагали отправить в Архангельск корабль с товаром, под видом купеческого, и на нем вывезти Иоанна, — все это правительство узнало от пойманного Зубарева. И вот сержанту лейб-кампании Савину дано было приказание вывезти ночью узника из Холмогор в Шлиссельбург, куда, как полагали, не будет в состоянии проникнуть никто из сторонников бывшего императора.
Хотя в манифесте о восшествии на престол Елизаветы Петровны значилось, что ее «просили восприять престол все верноподданные», тем не менее, уже на первых порах царствования у новой императрицы явилось подозрение, что есть лица, не одобряющие переворота 25 ноября 1741 года и желающие вернуть низложенного императора-малютку.
И действительно, в июле 1742 года открыт был заговор против новой государыни: камер-лакей Турчанинов, прапорщик Преображенского полка Ивашкин и сержант Измайловского полка Сновидов задумали захватить и умертвить Елизавету Петровну и возвести снова на престол Иоанна Антоновича, причем распускали слухи, что Елизавета — не наследница, а сделали ее будто бы наследницей гвардейцы за чашку водки и что она незаконно завладела властью.
Тайная канцелярия, которой поручено было рассмотрение этого дела, осудила виновных к наказанию кнутом и вырезанию ноздрей, а главному зачинщику, Турчанинову, сверх того велела урезать язык и сослать всех в Камчатку.
Не успели еще забыть об этом заговоре, как до сведения правительства Елизаветы дошли слухи, что рижский караул, который стережет бывшего императора Иоанна и его мать, «очень к императору склонен», что некто Лопухин уверяет, будто «перемене легко сделаться» и что это будет через несколько месяцев, так как свергнутому императору пособит прусский король, а австрийский посол, маркиз Ботта, — императору Иоанну первый слуга и доброжелатель. Было наряжено следствие, к которому привлекли многих высокопоставленных лиц, включая Наталью Федоровну Лопухину, графиню Анну Гавриловну Бестужеву, Степана Лопухина, Ивана Лопухина и др. Прямых улик относительно заговора открыто не было, и все обвинения основывались на словах подсудимых; тем не менее всех их пытали, судили в учрежденном в Сенате генеральном собрании с участием трех духовных сановников и постановили: Лопухиных — Наталью, Степана и сына их Ивана — колесовать, предварительно вырезав им языки; лиц, слышавших и не доносивших, казнить отсечением головы, менее виновных сослать.
Приговор этот был смягчен Елизаветой: она сохранила жизнь осужденным Лопухину и Бестужеву, но велела применить к ним те строгие меры, какие полагались в то время за государственные преступления: повелела высечь их кнутом и, урезав языки, сослать; остальных же высечь и сослать. Относительно же маркиза Ботта, поскольку его как представителя иностранной державы нельзя было наказать, да и не было его уже в России, решили лишь донести о его поведении австрийскому правительству — в надежде, что оно не оставит происков посланника без наказания.
Были открыты еще и другие заговоры: четырнадцать лейб-кампанцев замышляли умертвить Лестока и других близких к новой императрице сановников, устранить от престола императрицу и снова призвать низверженную Брауншвейгскую фамилию. Заговорщики были наказаны и сосланы, но весь двор и после этого долго не мог успокоиться, опасаясь, нет ли у них сторонников.
Спустя несколько лет, в 1749 году, в Москве, во время болезни Елизаветы Петровны, между некоторыми вельможами и сановниками возникла мысль, в случае скоропостижной смерти императрицы, провозгласить императором Иоанна Антоновича. Императрица поправилась, выздоровела, и заговор не был осуществлен. Заговорщики действовали так осторожно, что никто из них не был привлечен к следствию.
В 1756 году поймали упомянутого уже посадского тобольского человека Ивана Зубарева, который на допросе в Тайной канцелярии рассказал о предполагавшемся им освобождении Иоанна Антоновича и его отца, принца Антона, и о содействии этой затее со стороны прусского короля Фридриха II.