Крепость с ходу взять не удалось, и солдаты Шереметева начали готовиться к осаде – стали рыть апроши и устанавливать батареи. Двадцать восьмого апреля Петр I во главе флотилии лодок с гвардейцами проследовал вниз по Неве мимо Ниеншанца, с бастионов которого тщетно пытались помешать этому выстрелами. Итак, в самом конце апреля 1703 года Петр в первый раз оказался в тех местах, с которыми впоследствии навсегда связал свою жизнь. Плавание вниз по Неве имело отчетливо разведывательный, рекогносцировочный характер. Русское командование опасалось, как бы флотилия адмирала Нуммерса, базировавшаяся в Выборге, не подошла на помощь осажденному гарнизону Ниеншанца. Поэтому Петр хотел знать о силах и расположении шведских кораблей. Тридцатого апреля русскими была предпринята попытка нового штурма, но гарнизон вновь отбил атаку. Нужно согласиться с теми историками, которые считают, что взятие Ниеншанца было достаточно кровопролитным с обеих сторон.
Но было ясно, что крепость все равно обречена. Поэтому исполнивший свой долг комендант Аполлов, уступая превосходящим силам противника (особенно после продолжительного 14-часового обстрела и взрыва порохового погреба в крепости), согласился на почетную сдачу. Это произошло 1 мая 1703 года. Согласно условиям капитуляции, Аполлов на следующий день, 2 мая, поднес на серебряном блюде городские ключи фельдмаршалу Шереметеву и под барабанный бой вместе с гарнизоном, семьями солдат и офицеров, а также сидевшими в осаде горожанами навсегда покинул крепость.
Войска Петра вступили в Ниеншанц, там был устроен праздничный молебен. Город был тотчас переименован в Шлотбург. Есть основания считать, что между новым именем стоявшего у истоков Невы Шлиссельбурга (Ключ-город) и названием переименованного после взятия из Ниеншанца в Шлотбург (по-голландски – «Замок-город») существует устойчивая аллегорическая связь (ключ – замок). Впрочем, скорее всего слово «замок» читалось с ударением на первом слоге. Как бы то ни было, русское господство над Невой разбивало целостность шведской обороны всей Восточной Прибалтики. Шведские войска в Карелии оказывались отрезанными от шведских войск в Эстляндии. Словом, как потом сказал поэт, «Россия твердой ногой встала у моря», и сразу же Петр решил строить здесь город.
Санкт-Петербург – один из немногих городов, который имеет точную дату основания – 16 мая 1703 года. Мы же знаем не только эту памятную дату, но и «ночь зачатия» – той же ночью 2 мая 1703 года состоялся знаменитый военный совет, решивший судьбу Петербурга.