Бюрократизм, неповоротливость государственной машины в решении дел серьезно беспокоили Петра уже в начальной стадии работы нового аппарата. Чтобы добиться необходимой эффективности, царь прибегал к привычным ему репрессивным и даже показательно жестоким мерам. Так, в 1721 году был устроен суд над сибирским губернатором, князем Матвеем Гагариным, уличенным в воровстве, а также в 1723 году над сенатором П. П. Шафировым и обер-прокурором Г. Г. Скорняковым-Писаревым, которые обвинялись в нарушении сенатской «Должности». Гагарин был казнен перед зданием коллегий и, как живой укор взяточникам, сидевшим в своих конторах, висел на цепях несколько месяцев. Шафиров и Писарев, лишенные чинов, были сосланы в ссылку. Кроме того, Петр I создал специальный Вышний суд, обязанный заниматься расследованием различных должностных преступлений, в которых были уличены многие сановники, в том числе первейший из них – А. Д. Меншиков.