В октябре 1095 г. в далеком от Константинополя Клермоне, столице французской Оверни, на синоде Западной церкви папа Урбан II призвал христиан, способных носить оружие, к великому походу на Восток (позже получившему название крестового) отобрать у «неверных» мусульман Иерусалим и Гроб Господень. Летом следующего года в Константинополь прибыли первые отряды крестоносцев-крестьян, решивших не дожидаться войска феодалов. Неграмотные в своем большинстве, темные и обездоленные люди покидали скудную Западную Европу, чтобы обрести на далеком Востоке обещанное папой отпущение грехов, а если повезет — и стяжать себе богатство. Водительствовал этими оборванными, голодными и кое-как вооруженными массами монах Петр Амьенский (Пустынник). Войско Петра принялось за бесчинства еще на пути к Константинополю, достигнув же столицы ромеев, оно пустилось во все тяжкие. По словам западного хрониста, «сами христиане вели себя худо, ибо разрушали и поджигали дворцы в предместьях, растаскивали свинец, которым были покрыты церкви, и продавали его грекам. Вследствие этого император разгневался и велел перевезти их через пролив. После переправы они не переставали совершать всевозможные дурные дела, поджигая и опустошая церкви» (Аноним, «Деяния франков и других иерусалимцев», [5, т. I, с. 332]). Эта нестройная толпа была рассеяна турками у Никеи, на поле боя осталось лежать неубранными двадцать пять тысяч трупов.
В конце 1096 г. в Константинополь начали прибывать первые отряды рыцарей. Отношения между крестоносцами и византийскими властями сложились непростые. Перед Алексеем стояли три задачи: не допустить скопления буйного западного рыцарства в столице, предотвратить грабежи и заставить крестоносцев пообещать принести ленную присягу императору на все бывшие владения Византии, которые они отвоюют у мусульман. Конфликты следовали за конфликтами, западные дворяне вели себя не лучше крестьян Петра Пустынника. Византийское общество, стоявшее тогда на более высокой ступени цивилизации, с ужасом наблюдало варварские нравы невежественных и грубых баронов. Рыцари издевались над православной церковью и строгим церемониалом двора, обычаями греков. Негативное впечатление производило и закованное в латы католическое духовенство. Анна Комнина писала: «Мы пользуемся канонами, законами и евангельской догмой: «не прикасайся, не дотрагивайся и не кричи, ибо ты — священнослужитель». Но варвар-латинянин совершает службу, держа щит в левой руке и потрясая копьем в правой, он причащает телу и крови Господней, взирая на убийство» [9].
Алексей с честью вышел из этого испытания. Проявив свойственную ему хитрость и выдержку, а при необходимости и суровость, он переправил на анатолийский берег крестоносное войско, заручившись присягой почти всех его вождей — Готфрида Бульонского, Роберта Фландрского, даже Боэмунда Тарентского (сына Роберта Гвискара). Только жадный граф Тулузский Раймунд не поддался на уговоры василевса. Греки выделили для участия в походе крупный отряд.
Весной 1097 г. крестоносно-византийское войско овладело Никеей. Так как император не позволил победителям разграбить город, дальнейшие совместные действия стали весьма затруднительны, но все-таки успехи крестоносцев сильно облегчили Алексею операции в Малой Азии — захваты Лаодикии, Сард, Смирны, Эфеса, южного берега Черного моря и т. д. Летом 1097 г. в сражении под Дорилеей потерпело крушение военное могущество Кылич-Арслана I, a 15 июля 1099 г. пал Иерусалим. Многочисленные княжества крестоносцев в Северной Сирии, положение которых в кольце владений ислама оставалось шатким, признали себя византийскими вассалами. Лишь давний враг империи Боэмунд, князь Антиохии, отказался. После пленения Боэмунда мусульманами и разгрома его армии под Харраном (1104)Комнин отнял у него киликийские города. Выйдя на свободу, норманн пылал жаждой мщения. В 1107 г. он, набрав огромное войско, высадился у Диррахия. Однако теперь Византия была гораздо крепче, нежели два десятилетия назад: Боэмунд был разбит, окружен и капитулировал. Заключенный в 1108 г. Девольский мирный договор признал Антиохию фьефом империи.
Глубокие внутренние преобразования Алексей Комнин начал сразу после прихода к власти, и быстрыми успехами конца XI — начала XII в. государство обязано только ему. При этом император опирался почти исключительно на своих родственников и людей низкого звания, облагодетельствованных им — клиентов. По выражению его секретаря, хрониста Иоанна Зонары, василевс правил страной, как своим домом.