Своего негодования по этому поводу император Гуансюй никогда не выказывал. Наоборот, перед «дражайшим папой» он стал еще более покладистым. Такая перемена трогала Цыси, и она назвала императора «исключительно обходительным человеком». Чувства Цыси к ее приемному сыну во время войны приобрели небывалую прежде нежность, так как она знала, какое бремя легло на его плечи, и прекрасно представляла его ограниченность как правителя. Императорский наставник видел доказательства этого, когда император захворал, а Цыси окружила больного теплотой и заботой, каждый день навещала его в постели, где демонстрировала известную степень нежности к нему, которой он никогда не знал. Наместнику она прямо сказала: «Я на самом деле люблю нашего императора». Теперь она проводила с ним больше времени, прогуливалась с ним по территории Летнего дворца и ближайшим живописным окрестностям. Цыси восстановила в звании императорскую Жемчужную наложницу и ее сестру. Народ заметил, что в этот период мать и сын на самом деле хорошо ладили.
Цыси хотела, чтобы никто из окружающих не вмешивался в их отношения. К этому времени всех друзей императора, советовавших ему держать ее в стороне от государственных дел, удалили от двора. Чиновников предупредили о том, что «кто снова осмелится вытворить такое, пусть спуску не ждет, его сурово накажут». Учебный класс императора закрыли навсегда, так что ему было негде выслушивать нашептывания втайне.
Когда император Гуансюй стал таким покладистым, Цыси сосредоточилась на проблеме японской угрозы. Авторитетнейшие стратеги масштаба наместника Чжана Чжидуна настойчиво рекомендовали заключить союз с северным соседом Китая – Россией. Тем более что из всех стран Европы возвышение Японии непосредственно касалось только этой страны. Цыси опасалась того, что русские тоже претендуют на ряд территорий Китая: они отрезали значительный участок территории в 1860 году и предприняли еще одну попытку двумя десятками лет позже присвоить берега реки Или в Синьцзяне. Эту вторую попытку Цыси удалось отбить. Несколько месяцев она потратила на взвешивание всех за и против, а потом решила, что формирование союза с Россией все-таки предпочтительнее ничегонеделания и ожидания нового вторжения японцев. С начала 1896 года китайцы приступили к привлечению русских на свою сторону, чтобы заручиться их гарантией на участие в войне за их страну, если вдруг случится вторжение японцев. Верховный совет снялся с насиженного места и переехал вслед за вдовствующей императрицей в Летний дворец, где в летних домах у восточных ворот образовали временное государственное ведомство. Великий князь Гун переехал в поместье по соседству. Где находится император, никого не беспокоило.
Через китайского посла, аккредитованного в Санкт-Петербурге, Цыси узнала, что китайцы могут предложить русским в обмен на союз Транссибирскую магистраль, которая должна была соединить Москву и европейскую часть России с русским Дальним Востоком, пройдя до конечного пункта порта Владивостока на Тихом океане. Ее можно было проложить по двум маршрутам. Если тянуть ее по русской территории, она прошла бы по протяженной дуге через местность со сложным рельефом да еще стала на 500 километров протяженнее, чем напрямую через Северную Маньчжурию. Русские хотели построить ее по короткому маршруту через китайскую территорию. После обсуждения в высших сферах Цыси приняла решение выполнить пожелание русских, касающееся магистрали, которую позже назвали Китайско-Восточной железной дорогой (или Сибирской магистралью). Эта магистраль имела существенный хозяйственный смысл для самого Китая. Соединяющая Азию с Европой по суше, она представлялась весьма выгодным предприятием, ведь в Пекине получали возможность взимать налоги с громадных объемов транзитных товаров. Поскольку строить магистраль предложили русские, Китаю она обойдется минимальными затратами, и, чтобы империи досталась ее доля доходов, из Пекина поступила часть первоначального капитала предприятия (5 миллионов лянов серебром), при этом железная дорога стала акционерным обществом с участием Поднебесной (треть активов). Если когда-нибудь отношения ухудшатся, железная дорога останется на китайской земле, и китайцы теоретически могут поступить с ней, как им заблагорассудится. И все это в дополнение к приобретению надежного и могущественного военного союзника на случай японской агрессии.
Изъян здесь по большому счету просматривался разве что в усилении русского влияния в Маньчжурии, последствия которого нельзя было предвидеть. Цыси знала о том, что Пекину следовало проявлять «бдительность по поводу грядущих угроз», однако защита империи от японцев перевешивала все подобные соображения.