В 1599 году солдаты и беженцы с венгерского фронта турецкой войны принесли в Богемию чуму, и вскоре город на берегах Влтавы пал жертвой страшной эпидемии. Рудольф, терзаемый суеверным страхом смерти, бежал с несколькими приближенными в Пльзень, где оставался около девяти месяцев. Тихо Браге, направлявшийся в Прагу, получил тревожные известия о множестве смертей в Богемии и переждал эпидемию в Германии. Он оставил своих жену и дочерей на попечение своего верного друга князя Генриха Рантзау в замке Вандесберг недалеко от Гамбурга и взял с собой только своих сыновей, нескольких учеников, а также самые необходимые астрономические инструменты. По прибытии в Прагу он был радушно принят императором, который предоставил в его распоряжение замечательную резиденцию, назначил ежегодную стипендию в размере трех тысяч крон, пообещал передать в его безраздельное пользование обширное имение и позволил распоряжаться Бельведером, «замком удовольствий» Фердинанда, как обсерваторией. В просторных залах именно этого красивого здания размещалась кунсткамера, и историк Сватек говорит, что быстро растущая коллекция вскоре вытеснила Браге из дворца. Место совершенно не подходило для обсерватории — когда это выяснилось, император предоставил астроному на выбор несколько замков. В конце концов был выбран замок Бенатек, расположенный недалеко от Праги, возведенный на холме и позволяющий безо всяких помех созерцать открытое небо.
Перед тем как обосноваться на новом месте, Браге послал Тенгнагеля забрать его жену и дочерей из Гамбурга, а также привезти инструменты, оставленные в Германии, и написал Давиду Фабрициусу, Лонгомонтанусу, Джону Кеплеру и некоторым студентам, бывшим хорошими математиками, приглашая их помочь в организации школы астрономии и химии.
Вскоре замок Бенатек наполнился людьми: семья Тихо Браге, множество слуг, учеников, помощников, старых друзей астронома, желавших разделить с ним радость новоселья, а также профессоров европейских университетов, явившихся засвидетельствовать свое почтение первому астроному Европы. Все эти гости сидели за столом гостеприимного хозяина, наслаждаясь дорогими винами и изысканными блюдами.
Работа нашлась для каждого: юному Георгу Браге, прилежному студенту-химику, было поручено заведовать постройкой лаборатории; Лонгомонтанус следил за движением Луны и ее фазами, Кеплер изучал Марс, в то время как Тенгнагель, жених Елизаветы Браге, был занят изучением исключительно земной «Венеры». К сожалению, Браге обладал холерическим темпераментом: он был крайне упрям и раздражителен, к тому же на тот момент ему было уже пятьдесят четыре года, в то время как Кеплеру, его одаренному ассистенту, было всего двадцать девять. Горячая ссора, вспыхнувшая между учителем и учеником, разрушила мир в замке, в результате Кеплер покинул обсерваторию. Другим серьезным ударом стало желание императора, который приказал знаменитому датчанину переехать в Прагу и обосноваться поближе к императорскому дворцу, дабы консультировать его величество по вопросам астрологии и обучать премудростям астрономии. Браге перевез свои инструменты на Градчаны, а сам переехал к своему другу Куртиусу, где возобновил свои научные занятия. Но, несмотря на благожелательность и либеральность императора и доброту своих друзей, он чувствовал себя чужим на чужой земле: не зная местного языка, он часто сталкивался с затруднениями, и его душевная тоска в конце концов подорвала его телесное здоровье. 24 октября 1601 года Тихо Браге скончался. Император приказал похоронить гениального астронома с подобающими почестями в главной церкви Праги, Тайнкирхе, где до сих пор сохранилась медная мемориальная доска.
Великолепная коллекция книг и инструментов Браге была выкуплена у его наследников за двадцать тысяч талеров, из которых лишь четыре тысячи были выплачены немедленно, а двенадцать лет спустя еще двадцать три сотни были заплачены обедневшей к тому времени семье, вынужденной покинуть Богемию в связи с обстоятельствами, сильно отличавшимися от тех, что привели их в Прагу. Восемнадцать лет спустя после смерти Тихо Браге его астрономическая обсерватория была частично разрушена, частично переоборудована под другие нужды.
Среди наследия Браге наиболее драгоценным предметом, который берегли самым тщательным образом, был один из его серебряных носов. «Один из», поскольку неприятный случай убедил его держать при себе несколько. Проснувшись однажды утром, он, к своему ужасу, обнаружил, что его единственный серебряный нос, обычно лежавший на столике рядом с кроватью, разбит на мелкие кусочки одним из его домашних псов, чья игра доставила немало хлопот его хозяину.