Как бы то ни было, причастность бывших офицеров Генерального штаба, занимавших руководящие должности в Красной Армии, к заговорам, в ряде случаев действительная, а зачастую и мнимая, привела к созданию специальной комиссии для проведения чистки разведорганов от ненадежных элементов и военных специалистов. По указанию ЦК РКП(б), решено окончательно превратить разведку в классовый орган, доверив дело ее организации и ведения только членам партии.
16 сентября был издан приказ РВСР № 1484, где говорилось: «С 15 сентября 1919 г. Институт Консультантства при Регистрационном Управлении РВСР упраздняется. Личный состав передается в распоряжение Полевого штаба для немедленного назначения на фронт».[88]
Через неделю после этого МЧК арестовала сменившего Теодори бывшего старшего консультанта Региструпра, бывшего капитана Генштаба Вольдемара Генриховича Зиверта. Его подозревали в принадлежности к белогвардейской организации. Сам Г. И. Теодори 1 марта 1919 г. был командирован в Литву, Латвию, на Северный и другие фронты для выполнения особых заданий РВСР по агентурной разведке. Однако 12 марта его арестовали чекисты в Двинске и этапировали в Москву. По подозрению в шпионаже и участии в контрреволюционной организации он содержался в Бутырской тюрьме и в Особом отделе ВЧК до 4 января 1921 г. После освобождения служил с перерывами на различных должностях в РККА до своего ареста 16 апреля 1937 г.[89]
Чистку провели и на Курсах разведки, где исключили 50 % курсантов, не удовлетворявших политическим требованиям. Помимо этого, почистили и периферийные органы, а также агентурную сеть, из состава которой были удалены ненадежные элементы.
К чему привели все эти чистки и аресты, можно судить по воспоминаниям генерала М. Д. Бонч-Бруевича: