В том же 1932 году Разведупр РККА получил данные о намерении Японии отторгуть от Китая провинцию Синьцзян, имеющую важное стратегическое значение, богатую полезными ископаемыми и населенную исповедующими ислам уйгурами и дунганами. Японские представители начали активно подталкивать местное население к вооруженным выступлениям против китайцев с требованием предоставления Синьцзяну автономии. Положение в Синьцзяне уже давно вызывало беспокойство в Москве, так как там нашли себе прибежище несколько тысяч солдат и офицеров белогвардейского генерала Дутова, а также басмачи и бежавшие от коллективизации крестьяне из советской Средней Азии. Нанкинский режим, представленный наместником (дубанем) У Чжунсинем, фактически не контролировал провинцию, о чем Разведупр регулярно информировал советское правительство.
В апреле 1933 года наместник У Чжунсинь, ненавидимый местным населением, был свергнут, и власть в столице Синьцзяна Урумчи захватил бывший начальник штаба Синьцзянского военного округа Шен Шицай. Однако и ему не удалось справиться с восставшими уйгурами. Тогда Шен Шицай стал искать пути сближения с Советским Союзом, а в конце 1933 года начал открыто конфиктовать с пекинским правительством. В ответ в Синьцзян была введена 36-я китайская дивизия, целиком состоящая из мусульман-дунган, что заставило Шен Шицая обратиться за военной помощью к СССР.
Советское руководство, опасаясь появления у границ СССР нового марионеточного государства под протекторатом Токио, как это случилось в Маньчжурии, в начале 1934 года решило оказать Шен Шицаю поддержку и ввело в Синьцзян свои войска. Кроме того, Шен Шицаю были переданы около 10 тысяч китайских солдат и офицеров, вытесненных японцами из Маньчжурии и интернированых в СССР. Из них была сформирована так называемая Алтайская добровольческая армия, куда, кроме китайских отрядов и советских войск, вошел и русский полк полковника Паппенгута, состоящий из бывших солдат генерала Дутова. В ходе боев 36-я дивизия была разгромлена и отступила на юг, в округ Хотан, после чего урумчинское правительство (УРПРА) смогло перевести дух.
Однако после вывода советских войск из Синьцзяна уйгурские сепаратисты, поддерживаемые Японией и Англией, вновь подняли голову. В донесении разведотдела Среднеазиатского военного округа, датированного декабрем 1935 года, говорилось: