Хотя официально КИ находился под непосредственным руководством Совета Министров, назначение В. Молотова его первым председателем позволило Министерству иностранных дел оказывать огромное влияние на разведку за рубежом. Стремясь усилить это влияние, В. Молотов добился того, чтобы послы в ряде крупных стран были назначены так называемыми главными резидентами с предоставлением им права осуществлять руководство как политической (ранее ПГУ МГБ), так и военной (бывшее ГРУ) разведкой. Первым из них стал бывший сотрудник ИНО НКВД А. С. Панюшкин, в 1947–1951 гг. он являлся послом СССР в Вашингтоне. Но если А. Панюшкин как профессионал соответствовал новой должности, то многие другие послы были просто некомпетентны в разведывательной работе. Перебежчик И. Джирквелов, работавший в это время в Управлении КИ по Ближнему и Дальнему Востоку, в свой книге «Секретный сотрудник», вышедшей в Лондоне в 1987 г., писал:
«Реорганизация привела к большой путанице и неразберихе. Резиденты, профессиональные разведчики, шли на самые невероятные уловки, чтобы не информировать о своей работе послов, поскольку дипломаты имеют о разведке и ее методах лишь приблизительное, дилетантское представление».[1]
Таким образом новая разведывательная структура оказалась малоэффективной. П. А. Судоплатов, занимавший в то время должность начальника диверсионной службы МГБ, утверждал, что «при новой системе любые запросы о содействии от высшего военного командования или Министерства госбезопасности сначала поступали к Сталину, а затем к Молотову как к главе Комитета информации, а это, естественно увеличивало поток бюрократических бумаг и неизбежных согласований, затрудняя процесс принятия решений».[2]
Что касается рядовых сотрудников разведки, то об их реакции на создание КИ можно судить по воспоминаниям сотрудника ПГУ КГБ В. Павлова: