Как бы то ни было, причастность бывших офицеров Генерального штаба, занимавших руководящие должности в Красной Армии, к заговорам, в ряде случаев действительная, а зачастую и мнимая, привела к созданию специальной комиссии для проведения чистки разведорганов от ненадежных элементов и военных специалистов. По указанию ЦК РКП(б), решено окончательно превратить разведку в классовый орган, доверив дело ее организации и ведения только членам партии.
16 сентября был издан приказ РВСР №1484, где говорилось: «С 15 сентября 1919 г. Институт Консультантства при Регистрационном Управлении РВСР упраздняется. Личный состав передается в распоряжение Полевого штаба для немедленного назначения на фронт»75
.Через неделю после этого МЧК арестовала сменившего Теодори бывшего старшего консультанта Региструпра, бывшего капитана Генштаба Вольдемара Генриховича Зиверта. Его подозревали в принадлежности к белогвардейской организации. Сам Г.И.Теодори 1 марта 1919 г. был командирован в Литву, Латвию, на Северный и другие фронты для выполнения особых заданий РВСР по агентурной разведке. Однако 12 марта его арестовали чекисты в Двинске и этапировали в Москву.
По подозрению в шпионаже и участии в контрреволюционной организации он содержался в Бутырской тюрьме и в Особом отделе ВЧК до 4 января 1921 г. После освобождения служил с перерывами на различных должностях в РККА до своего ареста 16 апреля 1937 г.76
Чистку провели и на Курсах разведки, где исключили 50% курсантов, не удовлетворявших политическим требованиям. Помимо этого, почистили и периферийные органы, а также агентурную сеть, из состава которой были удалены ненадежные элементы.
К чему привели все эти чистки и аресты, можно судить по воспоминаниям генерала М.Д.Бонч-Бруевича:
«Сведения о противнике должно было дать мне разведывательное отделение; их я и затребовал. Оказалось, однако, что отделение это изъято из ведения штаба и передано в Особый Отдел.
Для доклада о противнике ко мне в кабинет явился молодой человек того «чекистского» типа, который уже успел выработаться. И хотя я никогда не имел ничего против Чрезвычайных комиссий и от всей души уважал Дзержинского, которого считал и считаю одним из самых чистых людей, когда-либо попадавшихся на моем долгом жизненном пути, «чекистская» внешность и манеры (огромный маузер, взгляд исподлобья, подчеркнутое недоверие к собеседнику и безмерная самонадеянность) моего посетителя мне сразу же не понравились. В довершение всего, вместо просимых сведений он с видом победителя (вот возьму, мол, и ошарашу этого старорежимного старикашку, пусть знает, как мы ведем разведку) выложил на мой письменный стол целую серию брошюр, отпечатанных типографским способом и имеющих гриф «совершенно секретно». По словам молодого чекиста, в брошюрах этих содержались исчерпывающие сведения о противнике, в том числе и о поляках.
Просмотрев все эти материалы, я тотчас же убедился, что они не содержат ничего из того, что мне необходимо для составления схемы сосредоточения Красной Армии и разработки оперативного плана. Зато в них содержалось множество поверхностных и общеизвестных политических и бытовых сведений и куча всякого рода мелочей, имевших к военному делу весьма отдаленное отношение.
На заданные мною дополнительные вопросы о противнике молодой человек не смог ответить, и я не без удивления узнал, что он-то как раз и является начальником разведывательного отделения.
Из дальнейших расспросов выяснилось, что в старой армии мой посетитель был писарем какого-то тылового управления, военного дела совершенно не знает и о той же разведке имеет самое смутное представление.
Необходимых мне данных о противнике я так и не получил. Пришлось ограничиться теми сведениями, которые добывались войсковой разведкой и излагались в разведывательных сводках, кстати сказать, поступавших с большим запозданием»77
.Понятно, что долго такое положение сохраняться не могло, и поэтому уже в августе 1919 г. вместо арестованного Кузнецова на пост начальника разведчасти Оперативного управления Полевого штаба назначили Б. М. Шапошников, а в конце того же года его сменил бывший подполковник Генштаба Константин Юльевич Берендс, который оставался на этом посту вплоть до окончания гражданской войны.
В сентябре 1919 г. был освобожден от занимаемой должности заместитель начальника Региструпра В.П.Павулан, его сменил Т.П.Самсонов. С февраля 1920 г. эту должность занимал Д. Р. Ипполитов, с сентября 1920 г. — А.Я.Зейбот ; в январе 1921 г. появился еще один заместитель — А.М.Устинов. Не менее часто менялись начальники в Агентурном отделе. В июне 1919 г. его недолго возглавлял В.Г.Зиверт, затем с июня же — Н.М.Чихиржин, с декабря — В.К.Вальтер, с января 1920 г. — В.Н.Соколов, с апреля — А.П.Аппен , с декабря 1920 г. — Я. К. Берзин 78
.Интересно появление в этот период в Региструпре группы бывших эсеровских боевиков, опытных конспираторов, среди которых выделялись племянник Столыпина Алексей Михайлович Устинов, Афанасий Семенович Северов-Одоевский и Яков Фишман .