Митрополит Иоанн (Снычев) считал, что владыку погубили не царь с Малютой Скуратовым, а новгородские заговорщики, видя в нем опасного свидетеля в «новгородском деле». Историк Ю. Е. Кондаков в своем исследовании приводит аргументы в пользу того, что канонизация митрополита Филиппа была непосредственно связана с наложением запрета на деяния Стоглавого собора:
Царь Алексей разочаровался в Никоне и в его антигрозненской авантюре. Это не значит, что святитель Филипп подлежит деканонизации. Об этом даже не может быть речи. Филипп мученик, но пострадал он, по всей видимости, не от опричнины, а от крамолы. Второе мученичество Филиппа — посмертное — связано с тем, что его использовали в политических играх, пытаясь подчинить государство церкви, столкнуть их (а такое может вести только к расколам страны и веры). На Руси святые не бывают противогосударственными, не бывают диссидентами, хотя отношения их с властями всегда не безоблачны. Попытка превратить Филиппа в святого диссидента — была провокацией, провокацией и остается, и смысл ее прозрачен.
Наряду с фильмом «Царь» другим примером борьбы с опричной идеей стала повесть Владимира Сорокина «День опричника», которой он, по мнению экспертов, ответил на роман Михаила Юрьева «Третья империя». Что касается Юрьева, то он построил нечто вроде утопии новой опричной России XXI века. Хотя сам Юрьев оговаривается, что не надо понимать этот термин буквально, тем не менее, у него там есть глава, в которой он описывает новую опричнину как служилый класс новой имперской России. Опричнина у Юрьева — это нечто вроде военного ордена, куда принимаются и мужчины, и женщины, дающие для этого специальные обеты, и проходящие школу экстремального эффективного воинского искусства. Сорокин в своей повести строит пародию на утопию Юрьева, показывая новых опричников в стиле перестроечных трактовок «кровавого разгула» НКВД. При этом Сорокин намеренно сгущает славянофильский стиль речи и мысли опричников, отчего его текст, вопреки желанию автора, на уровне «письма» способен вызвать к опричникам скорее симпатию, нежели антипатию. Другое дело, что в самом сюжете у Сорокина, как обычно, заложены тяжелые извращения — которые, конечно, портят общую картину.
В интервью «Известиям» Сорокин раскрывает подоплеку своих взглядов, которые опять же сильно напоминают писанину Александра Янова: