В горах Перу по крайней мере с конца IV тыс. до н.э. выращивали не только фасоль, но и тыквы, киноа, картофель, перец и в некоторых случаях кукурузу. В совокупности эти растения содержат почти все необходимые организму вещества, но урожайность их в это время была еще низкой. Первые оседлые деревни появились где-то в конце III тыс. до н.э., а древнейшие сложенные из камней святилища – несколькими веками раньше. Свои потребности в животных белках обитатели горных районов северного Перу вплоть до середины I тыс. до н.э. продолжали удовлетворять в основном за счет охоты, хотя мясо прирученной морской свинки местами имело существенное значение. Домашние альпака и лама появились первоначально в более южных районах, в зоне пуны. Эти животные ценились в Перу прежде всего за то, что давали шерсть, а ламы могли использоваться для перевозки грузов. Пометом лам удобряли поля. Нормы потребления мяса домашнего скота были сравнительно низкими. Однако это потребление было хотя и не ежедневным, но регулярным: лам забивали и поедали во время праздничных жертвоприношений. Подобные ритуальные пиршества сопровождались употреблением алкоголя. Лучший, наиболее богатый питательными веществами и витаминами слабоалкогольный напиток получали из кукурузы. Вплоть до прихода испанцев, кукуруза ценилась прежде всего как сырье для изготовления такого напитка, чичи, и лишь во вторую очередь как продовольственная культура в узком значении.
Формирование пищевой базы центральноандской цивилизации завершается к рубежу нашей эры. Судя по данным палеоботаники и по изображениям на древних сосудах и тканях, к этому времени в Перу были введены в культуру практически все растения, которые выращивали здесь и в XVI веке, все их главные разновидности и сорта. В конце I тыс. до н.э. скотоводство, как уже говорилось, получает развитие в северных районах горного Перу, где ранее оно оставалось неизвестным. В I тыс. до н.э. лам начинают широко использовать на Тихоокеанском побережье. Господствовавшее некогда мнение, будто ламы не выносят климата низменностей и что этих животных разводили исключительно в горах, опровергнуто археологами.
В Центральных Андах отсутствовали условия для распространения экстенсивного переложного земледелия. Почти каждый клочок земли требовал сложной и трудоемкой обработки, но зато давал устойчивые и высокие урожаи. В теплых долинах и в оазисах побережья собирали по два и по три урожая в год. В зависимости от особенностей климата и ландшафта применялись разные формы мелиорации: искусственное орошение, террасирование склонов (с одновременным регулированием полива), устройство посевов в выемках или на грядах с целью использовать подпочвенные воды или, наоборот, избежать переувлажнения. Мелиорация в древнем Перу развивается как минимум с середины II тыс. до н.э. В начале нашей эры на побережье уже создаются единые в пределах целых долин оросительные системы. На прилегающих к озеру Титикака заболоченных равнинах осваиваются тысячи гектаров заболоченных территорий, превращенных теперь в грядковые поля. Именно такие гряды (андские крестьяне называют их вару-вару), на которых сажали картофель, стали основой земледельческого потенциала цивилизации тиауанако. Вару-вару дают втрое более высокий урожай картофеля, нежели тот, что собирают без применения минеральных удобрений на обычных участках. Что же касается удобрений, то скалистые островки близ побережья Перу славятся, как известно, залежами гуано – помета морских птиц. В прошлом веке при разработках гуано были обнаружены древнеперуанские изделия, оставленные, очевидно, индейцами, которые приезжали за удобрениями и попутно совершали какие-то обряды. Самые ранние по времени вещи оказались принадлежащими культуре мочика и датируются III-IV веками н.э. В одной из хроник XVI века рассказывается, как обитатели прибрежных долин плавают в лодках за гуано на острова и какому божеству они при этом поклоняются.
Что касается обработки минерального сырья, то и в этой области основные открытия уже были сделаны к первым векам нашей эры. Керамика начала I тыс. н.э. по твердости и тонкости черепка и равномерности обжига не уступает лучшей продукции древневосточных гончаров. Правда, обжигалась она не в горнах, а на открытом воздухе, точнее, под грудой топлива, уложенного особым образом. Сосуды лепили не на круге, а в формах или на специальной болванке. Подобные способы обжига и лепки уступают в эффективности евразийским, но эти различия не слишком существенны. Аналогичными методами пользовались в свое время и некоторые древневосточные ремесленники. На северном побережье Перу традиционные индейские способы производства глиняной посуды сохраняются до сих пор среди испаноязычных креолов, успешно конкурируя с европейскими.