Папа продолжал признавать власть империи даже при правлении короля остготов Теодориха, которого считал лишь уполномоченным византийского императора, находившимся на службе империи. Триумфальное возвращение в Италию и вступление в Рим армий, направленных Юстинианом, еще более укрепило его приверженность и преданность империи. Когда в Рим иступили императорские войска во главе с полководцем Юстиниана Велизарием, папа, который был избран на этот пост духовенством и жителями Рима, попросил императора утвердить этот выбор и его назначение на папский престол. И начиная с 550 г., когда папой был Вигилий (занимавший папский престол с 537 по 555 г.), папа римский датировал подписываемые им документы, упоминая имя византийского императора.
Вигилий самим своим восшествием на папский престол обязан Византии. В 537 г., когда войска Витигиса осаждали Рим, оборонявший город Велизарий сместил с папского престола Сильверия по обвинению в сговоре с готами и сослал его на остров Пальматрия. Новым папой римским императрица Феодора назначила Вигилия. Юстиниан поспешил использовать это назначение в интересах империи и полностью подчинить папу римского Византии. Для этого папе предлагалось (а фактически это было требование) принять позицию Византии в вопросе о «Трех главах» (сочинение сирийских епископов, подвергнутое Юстинианом осуждению), то есть признать указ императора 543 г. о предании анафеме толкователей Священного Писания, проповедовавших свои взгляды в V в., а это, судя по всему, были несторианцы. Таким образом, делался шаг навстречу сторонникам монофизитского учения, которые не объявлялись безоговорочно еретиками, а, наоборот, подготовлялась почва для взаимопонимания между ними, с одной стороны, и государством и православной церковью — с другой.
Но священнослужители Востока и особенно Африки категорически протестовали против подобного подхода. Папа Вигилий, которого пригласили для одобрения упомянутого указа, отказался это сделать и отлучил от церкви патриарха Константинополя; но все-таки в 548 г. он уступил и дал свое согласие. Однако, столкнувшись с активным неодобрением своих действий со стороны епископов восточных районов империи, Вигилий вновь отверг указ. В Константинополе был созван вселенский собор, но Вигилий, которого принудили остаться в городе, прийти на собор отказался, как и подавляющее большинство восточных епископов. Таким образом, этот собор был, по сути, не вселенским, а всего лишь всегреческим, и он был проведен под председательством патриарха Константинополя. Этот собор осудил упомянутое сочинение «Три главы», а Вигилий, отказавшийся подчиниться решению собора, был отправлен Юстинианом в ссылку на один из островов в Мраморном море. В конце концов Вигилий уступил императору и получил разрешение вернуться в Рим. Он умер по пути в Рим в Сиракузах в 555 г.
Сменивший Вигилия на посту папы в 555 г. Пелагий I был назначен на этот пост Юстинианом. Новый папа сделал все, что было в его силах, чтобы утвердить мир в церковной среде, поскольку церковь по-прежнему никак не могла прийти к согласию по вопросу о «Трех главах». Он пытался сделать все, чтобы мелкие несогласия в вопросах веры и различное толкование тех или иных мест из Евангелия не вели к разделению церкви, а тем более ее расколу, особенно тогда, когда Италия переживает время трагического кризиса, вызванного ведущимися на ее территории войнами.
Лангобарды, которых Византия была бессильна остановить, поскольку ее войска были заняты боевыми действиями в Азии и на Дунае, заполонили всю Италию. Империя вступила в один из самых тяжелых и бедственных периодов своей истории. Император Юстин II, будучи не в состоянии послать на помощь войска, посоветовал папе откупиться от лангобардов золотом, а также заключить союз с франками.
Однако лангобардам в годы правления императора Тиберия II (578—582) удалось захватить территорию Италии до Сполето и Беневенто. Папа Пелагий II пытался последовать совету византийского императора и заключить союз с франками, но, увы, безрезультатно. Италия превратилась в зону господства самого ужасного хаоса и хищнического произвола.
Однако Рим, город, где находился папский престол, и Равенна, город престола императора, держались, помогая друг другу. Император Маврикий (правивший с 582 по 602 г.) направил в Равенну экзарха, который имел право предпринимать практически любые действия в соответствии с обстановкой; однако византийский император сумел направить вместе с ним лишь немного войск.
Когда на папский престол взошел Григорий Великий (он был папой с 590 по 604 г.), угроза была велика как никогда. В 592 г. связь между Римом и Равенной была перерезана, а герцог Сполето Арнульф со своим войском появился под стенами Рима. В 593 г. город вновь оказался под угрозой, на этот раз со стороны короля лангобардов Агивульфа. Григорию пришлось защищать город без какой-либо помощи извне. И он энергично взялся за дело, причем действовал, безусловно, не только в своих интересах, но и в интересах императора.