С 1906 г., после поражения декабрьского (1905 г.) вооруженного восстания в Москве, находился на нелегальном положении. Делегат V съезда РСДРП (1907 г.), на котором был избран в ЦК партии; в 1907–1908 гг. входил в Русское бюро ЦК РСДРП. В апреле 1908 г. был арестован, в 1910 г. сослан в Восточную Сибирь, где пробыл до февраля 1917 г.
…
Борис Николаевский, подружившийся с Рожковым в ссылке, впоследствии отмечал о том, как там проходила быстрая эволюция его мировоззрения: «Рожков-историк не мог не подметить огромной важности совершающегося в стране „процесса нарождения культурного капитализма“. Мысль о последнем стала центральной во всех его настроениях, конечно, очень далеко уходивших от правоверного ленинизма… Ленин выступил против него со всей присущей ему резкостью».
…
Выступал с критикой большевиков, не поддерживавших идею объединения. 8 апреля опубликовал «Открытое письмо к Московской конференции большевиков», в котором писал, что «…захватная тактика большевиков… по своим объективным последствиям контрреволюционна теперь, при Временном правительстве, торжественно взявшем на себя обязательства, являющиеся залогом продолжения революции в интересах демократии» («Вперёд», 1917, 8 апреля).
Один из основателей Лиги аграрных реформ. 14 апреля в Московском областном бюро Советов РСД сделал доклад об аграрной реформе, в котором предлагал всю землю, за исключением частновладельческой (от 50 до 120 десятин), передать в распоряжение государства. 23 июня в докладе по аграрному вопросу на 2-м Всероссийском съезде Лиги аграрных реформ выступил с идеей национализации крупных и средних землевладений.
Октябрьскую революцию Рожков не поддержал, оценив её как преждевременный антидемократический переворот:
…мы видим… главную причину, влиявшую на ход революции: это некультурность, малосознательность, стихийность масс. Эта причина… не вина масс. Она их беда, несчастье России… Такой урок теперь дан большевистской диктатурой: она учит, как не следует делать социалистическую революцию
В то же время на чрезвычайном съезде меньшевиков (30 ноября — 7 декабря) вместе с лидерами партии Ю. О. Мартовым и Ф. И. Даном выступил против вооруженной борьбы с большевиками.