В апреле 1903 г. произошел погром в Кишиневе, во время которого было убито 49 человек. Он вызвал волну негодования против правительства России как среди российской интеллигенции, так и за рубежом.
10 мая 1903 года императором Николаем II было утверждено разработанное Комитетом министров Положение, разрешавшее евреям проживать в 101 селении в черте оседлости, которые фактически стали местечками; в конце того же года, по предложению министра внутренних дел Плеве, список поселений был расширен. Однако евреям было запрещено приобретать недвижимость в сельской местности. 29 августа – 1 сентября 1903 г. произошел погром в Гомеле, в ходе которого впервые активно действовала еврейская самооборона.
В январе 1904 г. началась русско-японская война. Около тридцати тысяч евреев участвовали в боях; многие из них были награждены за боевые заслуги. И. Трумпельдор и некто Столберг после окончания войны были произведены в офицеры. 11 августа 1904 г., в связи с рождением наследника престола Алексея право повсеместного жительства в империи получили иудеи – коммерции советники и мануфактур-советники, «беспорочно прослужившие» участники русско-японской войны и члены их семей. В сельской местности черты оседлости было разрешено проживать купцам 1-й гильдии и некоторым категориям ремесленников. Жены и дети евреев с высшим образованием получили право повсеместного жительства отдельно от главы семьи и приобретения недвижимости всюду, где евреям это дозволено.
В 1881–1914 гг. вследствие преследований, ухудшения экономического положения и роста бедности среди евреев, автократического и все более склоняющегося к антисемитизму политического режима Российской империи, разрушения традиционного социоэкономического уклада индустриальным капитализмом, страну покинули 1 млн. 980 тыс. евреев. 78,6 % евреев, покинувших Российскую империю в этот период (1 млн. 557 тыс. человек) прибыли в США, лишь немногие ехали в Палестину, Аргентину и другие страны. Демограф Сергей Максудов пишет, что «погромы вызвали мощный поток беглецов, в десятки раз превышавший эмиграцию других народов. Если в 1830—1870-е годы в США прибывали ежегодно сотни или тысячи русских евреев, то после погромов 1881 года счёт пошёл на десятки тысяч, а в 1905–1906 дошел до сотни тысяч»