Признал ли «красный маршал» свою вину? Да, признал и собственноручно написал подробные показания, в которых поведал, как вступил в тайные контакты с немецкими генералами и готовил разгром Советского Союза в грядущей войне с Германией. Понятно, что показания были «вымучены» из Тухачевского следователями НКВД – им даже не пришлось прибегать к физическому воздействию: маршал был морально раздавлен и пошел на сотрудничество с органами, надеясь, что сумеет оправдаться на суде. Но суд, вопреки ожиданиям, был закрытым и скорым, а попытки Тухачевского «утащить» за собой как можно больше конкурентов из «ворошиловской» группировки, назвав их участниками «заговора», не возымели действия. Сталин руками чекистов бил в цель, а не в кого попало, и многие из тех, кто по логике должен был после показаний Тухачевского отправиться в подвал (например, Борис Михайлович Шапошников, Семен Константинович Тимошенко, Иосиф Родионович Апанасенко), получили высокие посты и служили стране во время Великой Отечественной войны.
Покровительство со стороны армейского командования для НИИ-3 закончилось, наступили темные времена. Тут нужно отметить, что с момента основания институт пережил не одну и даже не две интриги. Под общей крышей собрались люди самых разных биографий, социального происхождения, уровня образования и общей культуры. Нет ничего удивительного в том, что они по-разному понимали задачи Реактивного института и перспективы развития ракетного дела, что каждый из них считал свою работу наиболее важной и старался убедить в этом других, и прежде всего – шефов из военного руководства. Вот и начались ссоры, пошли по инстанциям кляузы. Атмосфера в институте очень быстро накалилась.
С началом террора против высших должностных лиц армии у конфликтующих групп внутри НИИ-3 появилась уникальная возможность разобраться с конкурентами раз и навсегда – к этому прямо подталкивала и политика поиска «врагов народа». Под подозрение мог попасть любой – от директора до простого техника. Одним из самых активных доносчиков, решивших очистить НИИ-3 от «выдвиженцев» Тухачевского, стал военинженер 2-го ранга Андрей Костиков. Он испытывал острую обиду на Ивана Клеймёнова, Сергея Королёва и Валентина Глушко, которые считали его «малограмотным склочником». И в апреле 1937 года передал в партком института «заявление» на шести машинописных страницах, в котором сообщал: