Монголия переживала смуту. Против гегемонии, которую пытались создать Ванхан и Чингисхан, Джамуха сформировал новую коалицию. Он собрал впечатляющее количество вассалов и родичей и предоставил свои требования на племенное руководство. Объединение сил всех монгольских племен под единым началом было не личным желанием претендентов на гегемонию – к этому подталкивало стремление части родовых элит упорядочить хаос межплеменных и межродовых отношений. Самые дальновидные понимали, что объединение сил не только придаст стабильность социальным связям в будущем (например, в правильном наследовании и защите прав находившейся в стадии становления потомственной степной знати), но и в настоящем позволит единому, собравшему все силы племен улусу обогатиться за счет грабежей соседей.
Начало окончательной фазы за гегемонию в монгольской степи следует отнести к 1201 г., когда в урочище Алкуй-Булак 16 племенных вождей собрались на курултай и провозгласили Джамуху гурханом, т. е. «всеобщим ханом», тем самым фактически объявив войну Чингисхану и Ванхану. Вот в такой обстановке начинала формироваться Монгольская империя. Оставалось выяснить, кто из двух соперников будет ее повелителем – Чингисхан или Джамуха. В этом поединке на стороне Чингисхана были политический расчет, упорство, умение показать себя правым и, в самом начале, нерешительная, но поддержка Ванхана.
Что же касается Джамухи, то он обладал бурной, порой чересчур бурной, энергией, мятежным нравом, талантом интригана и, если верить чингисидским источникам, был ненадежным союзником и даже не гнушался грабить племена своих сторонников. Напротив, Чингисхан всегда хранил верность тем, которые доверили ему свою судьбу.
Определяющей фигурой на чаше весов был Ванхан, и он поддержал Чингисхана. Они вместе разбили войска Джамухи в Койтене, несмотря на бурю, вызванную ойратскими и найманскими колдунами, после чего Джамуха ушел в низовья Аргуни.
Осознав собственную силу, Чингисхан решил действовать самостоятельно. Сперва он наказал тайчжиутов за их предыдущее предательство. Он истребил часть их войска, остальных заставил покориться, восстановив таким образом единство борджигинского клана. Молодого воина тайчжиута, который поразил стрелой лошадь Чингисхана, должны были казнить, но Чингисхан помиловал его. Под именем Джэбэ («стрела») этот отважный лучник в дальнейшем стал одним из лучших чингисидских полководцев. Со своим славным соратником Субэтэем он был самым талантливым стратегом монгольской эпопеи.
Затем Чингисхан обратился к остаткам татар, которых в конечном счете подчинил. Две татарские красавицы, Есуи и Есугэн, стали его женами. Тогда, в 1202 г., Чингисхан свел счеты со старыми врагами, убийцами отца. Побежденные татары подверглись массовому истреблению, оставшиеся в живых влились в монгольские племена.
Тем временем Алтан, (представитель благородной ветви старой царской монгольской семьи, сын бывшего монгольского хана Кутулы), Хучар и Дааритай (дяди Чингисхана по отцовской линии) занялись самостийным грабежом, нарушив таким образом указ Чингисхана. Он приказал отобрать у них все награбленное, и те начали постепенно отдаляться от Чингисхана и вскоре присоединились к его врагам.
После разгрома татар, как свидетельствует «Юань-Ши», Токтоа, царь меркитов, возвращаясь из Забайкалья, куда он ушел под давлением Ванхана, атаковал Чингисхана и был разбит. Затем Токтоа примкнул к найману Буюрук-хану, под знамена которого собрались уцелевшие остатки армий различных кланов. Новая коалиция вела войну с объединенными силами Ванхана и Чингисхана, которые атаковали найманского Буюрук-хана. Тот бежал, не приняв боя, но был настигнут в низовьях реки Урунгу и убит.
Ванхана стали одолевать сомнения относительно искренности намерений Чингисхана. И он предложил Чингисхану присоединиться к готовящейся кампании против находящегося на крайнем западе монгольского племени найманов, на что Чингисхан ответил согласием. Когда начался поход, Ванхан изменил план действия, повернул назад, не известив об этом своего союзника, и Чингисхан едва успел вывести свою армию из западни.
В качестве компенсации за предательство со стороны кераитского царя, Чингисхан просил руки принцессы Каур-Баки для своего сына Джучи. Но Ванхан отказал ему, и два властителя порвали дипломатические отношения.