Судя по монетам, Кебек царствовал до 1326 г. По замечанию Бартольда, значение его правления заключается в том, что в отличие от своих предшественников он проявлял интерес к старой цивилизованной стране Мавераннахр и к городской жизни. В окрестностях Нахшеба или Насефа (к юго-западу от Самарканда) он построил дворец, который дал имя нынешнему городу Карши (по-монгольски – дворец). Именно он ввел в обращение монеты из серебра, которые позже стали называть «кебеки» – первые официальные деньги Чагатайского ханства. Прежде здесь не было других монет, кроме тех, что чеканили некоторые города или местные династии. Тем не менее несмотря на ситуацию в Мавераннахре, Кебек не принял мусульманство.
У Кебека были три брата-наследника: Элджигидай, Дува-Тимур и Тармаширин. Двое первых процарствовали по нескольку месяцев.
Царствование Тармаширина продолжалось долго: 1326–1333 гг. (?). В 1327 г. он возродил традицию крупных экспансий в Индию, дошел до ворот Дели и, по некоторым источникам, ушел оттуда, только получив огромный выкуп. По другим источникам, султан Дели Мохаммед-ибн-Туглук отбросил и преследовал его армию до Пенджаба. Впрочем, Тармаширин, несмотря на свое буддийское имя, взятое из санскрита, принял ислам и стал султаном под именем Ала-ад-Дин.
Но если это обращение было благожелательно принято жителями Мавераннахра, то оно вызвало неодобрение со стороны кочевников Иссык-Куля и Или, которые увидели в нем измену чингисидской Ясе. В этой связи против правления Тармаширина началось восстание (1333–1334 гг.), которое привело к восхождению на трон хана Джинкши, внука Дувы (он царствовал в долине Или с 1334 по 1338 г.).
Антимусульманская реакция, характеризующая это царствование, была на руку несторианцам, пребывающим в большом количестве среди жителей Алмалыка и Пишпека, и католическим миссионерам, которые в течение нескольких месяцев снова могли проповедовать и строить церкви. Один из сыновей хана Джинкши (в возрасте семи лет) получил с согласия отца крещение под именем Жан.
В 1338 г. папа Бенуа ХII назначил в Алмалык епископа, францисканца Ришара Бургундского. Но почти сразу, в 1339–1340 гг., Ришар принял мученическую смерть от рук илийских мусульман вместе со своими соратниками: Франсуа из Александрии, Паскалем из Испании, Лораном Анконским, братом Пьером, индусом, служившим переводчиком, и торговцем Джилотто. В следующем году в долину Или все-таки прибыл другой папский легат, Кан де Мариньолли. Он ехал с официальной миссией к великому хану Пекина через Каффу, Кыпчакское ханство и Чагатайское ханство. Он остановился в Алмалыке, проповедовал, построил или перестроил церковь, крестил многих жителей. Его роль посла при великом хане заслуживает уважения, тем более что его предшественников просто убили. Однако после его отъезда христианская община Алмалыка быстро исчезла. А то, что оставалось от старого несторианского центра на берегах Или, не пережило преследований темуридов.
Итак, Чагатайское ханство разделилось на два ханства во главе с двумя разными ветвями ханской семьи: Мавераннахр, с одной стороны, а с другой – Моголистан: Иссык-Куль, Талас, Или, верховье Чу, Эбинор.
В Мавераннахре (ханская резиденция в Карши) правил Казан (1343–1346 гг.), сын Яссавура, которого «Зафарнаме» изображает как тирана. Возможно, это связано с тем, что он пытался подавить непослушную тюркскую знать Мавераннахра, которая посадила его на трон. Вождем этой знати был в то время эмир Казган, надел которого находился на северном берегу Амударьи, севернее Кундуза. Он поднял бунт против Казана, но тот разгромил его в первом сражении между Термезом и Карши и, как говорится в источниках, выбил стрелой глаз Казгану. Но вместо того, чтобы развить свой успех, Казан перезимовал в Карши, где часть его войск бросила предводителя. И Казган снова напал на него, разбил его войско, а сам Казан погиб (1346–1347 гг.).
Став хозяином Мавераннахра, Казган разорвал отношения с чагатаидами и посадил на мавераннахрский трон марионетку, потомка Угэдея по имени Данишмендиа (1346–1347 гг.), после чего умертвил своего ставленника и, вернувшись к чагатаидам, сделал ханом Буян-Кули, внука Дувы (1348–1358 гг.). Похвалы «Зафарнаме» в адрес Буян-Кули говорят о том, что в руках Казгана он был послушным исполнителем.
В сущности, чагатаиды Мавераннахра уже были не более чем ханами-марионетками, а вся власть перешла в руки местной тюркской знати – сегодня Казган, завтра Амир Темур. Так называемое монгольское ханство превратилось в тюркское царство.