Шейбани-хан держал паузу и не предпринимал решительных шагов к генеральному сражению. У Бабура было время подождать обещанное подкрепление, но, возможно, нетерпение молодости, возможно, советы военачальников, как бы то ни было, но он решил дать решительное сражение. Несмотря на всю свою храбрость и стойкость войск, проявленную в этом ожесточенном сражении, Бабур был разбит и, потеряв значительное число своих войск с высшим командным составом, вынужден был укрыться за стенами Самарканда.
Впоследствии, уже будучи основателем империи Великих Моголов, Бабур напишет «Записки». Приведем отрывок из этой книги, касательно сражения с Шейбани-ханом: «…когда линии двух армий приблизились, край правого фланга узбеков обогнул мой левый фланг и зашел ко мне в тыл. Я повернулся к ним фронтом. Старые опытные рубаки нашего авангарда потерпели поражение и были отброшены вправо, и передо мною никого не осталось. Несмотря на это, мы, однако, атаковали и достигли до его центра. Дело дошло до того, что некоторые из опытных военачальников Шейбани-хана говорили ему, что нужно уходить, ибо оставаться дальше нельзя. Он предпочел остаться. Правый фланг неприятеля, ударивши в наш левый фланг, обошел его с тыла. Поскольку мои авангарды были отброшены вправо, то мой фронт остался без прикрытия, и враг начал нас атаковать как с тыла, так и с фонта, осыпав стрелами. Войско моголов, пришедшее ко мне на подмогу, не приняло участия в сражении, но даже принялось грабить мой народ, стаскивая воинов с лошадей. Но это не единичный пример, а таков обычай этих злосчастных моголов. Если они побеждают врага, они немедленно принимаются за его ограбление; если же они бывают побеждены, то начинают грабить и стаскивать с коней своих союзников, считая это своей добычей. Против нашего фронта враг предпринял несколько яростных атак, но мы их отразили, заставив врагов вернуться на свои исходные позиции. Они усилили свои атаки против нашего фронта, а вражеское подразделение, зашедши нам в тыл, стало осыпать градом стрел наше знамя. Таким образом, они нападали на нас спереди и сзади, чем заставили наших людей броситься из этого окружения. Великое искусство у узбеков на войне есть тулгама (они стараются окружить неприятеля и сразу бить его с фронта и тыла), без тулгамы не обходится ни одно сражение. Есть еще у них такой маневр: когда идут на неприятеля, тогда спереди и сзади бек и его нукеры, все бросают стрелы и сдерживают лошадей, а когда возвращаются назад, скачут врассыпную, бросивши поводья. Теперь со мною оставалось 10–15 человек; река Кухэк была близко, край нашего правого фланга доходил до нее».
Осада Самарканда длилась четыре месяца. Своей штаб-квартирой Бабур избрал медресе Улугбека. Несмотря на храбрость осажденных и их успешные вылазки, положение было весьма тяжелым, И без того в скудном продовольствием городе голод достиг ужасающих размеров. Скоро ни в одном доме не осталось ни крошки хлеба. Народ ел мясо собак и кошек, не думая о религиозном запрете этой пищи. Знать кормила своих лошадей листьями деревьев, простолюдины – отваренными в воде древесными стружками. Скоро ко всему этому присоединилась анархия. Многие, спасая свою жизнь, тайно спускались со стен и бежали в лагерь узбеков.
Видя безвыходность положения, Бабур в одну из ночей покинул Самарканд. С ним был отряд в сто человек, с которым он направился в Ташкент, где ему был оказан радушный прием ханом Султан-Махмудом.
Шейбани-хан беспрепятственно второй раз овладел Самаркандом. Неизбежные массовые грабежи и убийства населения Самарканда сопровождали торжество победителя над столицей Амира Темура.
Бежавшие из города увеличили население городов Моголистана, Хорасана и горных областей Восточной Бухары.
Находясь в Ташкенте, Бабур склонял Султан-Махмуд-хана выступить против его наследственного удела Андижана. Он получил согласие и зимой 1501 г. войска выступили в поход.
Судя по всему, служба разведки у Шейбани-хана работала превосходно, как и у его великого предка – Чингисхана. Он сумел опередить своих врагов: взял армию Махмуд-хана в клещи и в кровопролитном бою разбил ее. Махмуд-хан и его брат попали в плен, а Бабур бежал в северо-восточные области Моголистана. Шейбани-хан отнесся к пленникам великодушно и дня через два-три отпустил их на свободу, оставив за собой территорию Шахрухии.
Итак, Шейбани-хан, завладев Самаркандом, закрепил за собой значительную часть Мавераннахра с его обеими столицами. Однако факт изолированности Самарканда от прилегающих районов весьма беспокоил Шейбани-хана. И он решил построить для безопасного и удобного проезда через Зеравшан мост-дамбу. На строительство этого сооружения были привлечены объединенные силы населения и войска. Первого ноября 1502 г., по истечении месяца, работа завершилась и Самарканд был связан с заречными районами.